vestnik-bio-msuВестник Московского университета. Серия 16. БиологияVestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya0137-0952Lomonosov Moscow State University, School of Biology10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-11-13vestnik-bio-msu-181Research ArticleСтатьиСРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РЕКОНСТРУКЦИИ ФИЛОГЕНИИ БЕЛКОВ НА МАТЕРИАЛЕ ПРИРОДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙCOMPARISON OF PROTEIN PHYLOGENY RECONSTRUCTION METHODS ON NATURAL PROTEIN SEQUENCESКривозубовМ. С.KrivozubovM. S.

студент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. (965)301-12-05

mikhailkrivozubov@yandex.ruСпиринС. А.SpirinS. A.

канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр. НИИФХБ име­ни А.Н. Белозерского МГУ. Тел. (495)939-54-14

sas@belozersky.msu.ruфакультет биоинженерии и биоинформатики и НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУRussian Federation201023072015041113Copyright © Кривозубов М.С., Спирин С.А., 20152015Кривозубов М.С., Спирин С.А.Krivozubov M.S., Spirin S.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vestnik-bio-msu.elpub.ru/jour/article/view/181

На материале природных последовательностей проведено сравнение нескольких мето­дов реконструкции филогении белков. Были протестированы программы пакета PHYLIP, а также программы FastME, PhyML и TreeTop. Вопреки исследованиям на симулированных данных наши результаты демонстрируют превосходство программ, принимающих на вход матрицу расстояний, над реализациями метода наибольшего правдоподобия.

 

On a set of real protein sequences, comparison of several protein phylogeny reconstruction methods has been performed. The programs of PHYLIP package and programs FastME, PhyML and TreeTop have been tested. In contrast to several studies that used simulated sequences, our results demonstrate superiority of distance methods over the maximum likelihood method.

 

реконструкция филогенииалгоритмыпоследовательности белков.phylogeny reconstructionalgorithmsprotein sequences.ReferencesСайт PHYLIP (URL: http://evolution.genetics.was- hington.edu/phylip.html 05.04.2010).Сайт PHYLIP (URL: http://evolution.genetics.was- hington.edu/phylip.html 05.04.2010).Fitch W.M., Margoliash E. Construction of phylogenetic trees // Science. 1967. Vol. 155. Ñ. 406—416.Fitch W.M., Margoliash E. Construction of phylogenetic trees // Science. 1967. Vol. 155. Ñ. 406—416.Cavalli-Sforza L.L, Edwards A.W.F. Phylogenetic analysis: models and estimation procedures // Evolution. 1967. Vol. 32. Ñ. 550—570.Cavalli-Sforza L.L, Edwards A.W.F. Phylogenetic analysis: models and estimation procedures // Evolution. 1967. Vol. 32. Ñ. 550—570.Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new methods for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol. 1987. Vol. 4. Ñ. 406—425.Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new methods for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol. 1987. Vol. 4. Ñ. 406—425.Sokal R.R., Sneath P.H.A. Numerical Taxonomy. San Francisco: Freeman, 1963. 399 ñ.Sokal R.R., Sneath P.H.A. Numerical Taxonomy. San Francisco: Freeman, 1963. 399 ñ.Hall G.B. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences // Mol. Biol. Evol. 2005. Vol. 22. Ñ. 792—802.Hall G.B. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences // Mol. Biol. Evol. 2005. Vol. 22. Ñ. 792—802.Kuhner K.M., Felsenstein J. A simulation comparison of phylogeny algorithms under equal and unequal evolutionary rates // Mol. Biol. Evol. 1994. Vol. 11. Ñ. 459—468. Guindon S., Gascuel O. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likeli¬hood // Syst. Biol. 2003. Vol. 52. Ñ. 696—704.Kuhner K.M., Felsenstein J. A simulation comparison of phylogeny algorithms under equal and unequal evolutionary rates // Mol. Biol. Evol. 1994. Vol. 11. Ñ. 459—468. Guindon S., Gascuel O. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likeli¬hood // Syst. Biol. 2003. Vol. 52. Ñ. 696—704.Desper R., Gascuel O. Fast and accurate phylogeny reconstruction algorithms based on minimum-evolution principle // J. of Computation Biology. 2002. N 9. Ñ. 687—705.Desper R., Gascuel O. Fast and accurate phylogeny reconstruction algorithms based on minimum-evolution principle // J. of Computation Biology. 2002. N 9. Ñ. 687—705.Юшманов С.В., Чумаков К.М. Алгоритмы кон¬струирования филогенетических деревьев максимально¬го топологического подобия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1998. № 3. С. 9—15.Юшманов С.В., Чумаков К.М. Алгоритмы кон¬струирования филогенетических деревьев максимально¬го топологического подобия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1998. № 3. С. 9—15.Веб-интерфейс программы TreeTop: (URL: http:// www.genebee.msu.ru/services/phtree_reduced.html 05.04.2010).Веб-интерфейс программы TreeTop: (URL: http:// www.genebee.msu.ru/services/phtree_reduced.html 05.04.2010).Finn R.D. et al. The Pfam protein families database // Nucleic Acids Research. 2010. Database Issue 38. Ñ. D211—222.Finn R.D. et al. The Pfam protein families database // Nucleic Acids Research. 2010. Database Issue 38. Ñ. D211—222.Kimura M. The neutral theory of molecular evolution. Cambridge: Cambridge University Press, 1983. 388 ñ.Kimura M. The neutral theory of molecular evolution. Cambridge: Cambridge University Press, 1983. 388 ñ.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.