vestnik-bio-msuВестник Московского университета. Серия 16. БиологияVestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya0137-0952Lomonosov Moscow State University, School of Biology10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-73-75vestnik-bio-msu-220Research ArticleСтатьиАНАЛИЗ ВЫРОЖДЕННЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МОТИВОВ В ПРОМОТОРАХ ГЕНОВ миРНК, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В РАЗЛИЧНЫХ ТКАНЯХ МЛЕКОПИТАЮЩИХANALYSIS OF THE DEGENERATE MOTIVES IN PROMOTERS OF miRNA GENES EXPRESSED IN DIFFERENT TISSUES OF MAMMALIANSВишневскийО. В.VishnevskyO. V.

канд. биол. наук, науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН; НГУ, г. Новосибирск. Тел. (383)363-49-22

 

oleg@bionet.nsc.ruГунбинК. В.

канд. биол. наук, науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН. Тел. (383)363-49-23

 

genkvg@bionet.nsc.ruБочарниковА. В.BocharnikovA. V.

студент Новосибирского государственного университета

 

andrey.bocharnikov@gmail.comБерезиковЕ. В.BerezikovE. V.

канд. биол. наук, вед. науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН, Hubrecht Institute, RNAAS, Utrecht, Netherlands

 

e.berezikov@niob.knaw.nlИнститут цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск; кафедра информационной биологии факультета естественных наук Новосибирского государственного университета, г. НовосибирскRussian FederationИнститут цитологии и генетики СО РАН, г. НовосибирскРоссияGunbinRussian Federationкафедра информационной биологии факультета естественных наук Новосибирского государственного университета, г. НовосибирскRussian FederationИнститут цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск; Hubrecht Institute, RNAAS, Utrecht, NetherlandsRussian Federation201024072015047375Copyright © Вишневский О.В., Гунбин К.В., Бочарников А.В., Березиков Е.В., 20152015Вишневский О.В., Гунбин К.В., Бочарников А.В., Березиков Е.В.Vishnevsky O.V., Гунбин К.В., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vestnik-bio-msu.elpub.ru/jour/article/view/220

Разработан метод выявления значимых олигонуклеотидных мотивов в регуляторных районах генов эукариот и проведен компьютерный анализ тканеспецифичных промоторов генов миРНК млекопитающих.

 

The computer approach is developed to reveal the significant oligonucleotide motives in regulatory regions of eukaryotic genes. The regulatory signals, specific for promoter regions of miRNA genes, which are expressed in different tissues of mammalians, are obtained and classified.

 

гены миРНКпромоторыолигонуклеотидные мотивы.miRNA genespromotersoligonucleotide motives.ReferencesJohn B., Enright A.J., Aravin A., Tuschl T., Sander C., Marks D.S. Human microRNA targets // PLoS Biol. 2004. Vol. 2. N 11. P. 363.John B., Enright A.J., Aravin A., Tuschl T., Sander C., Marks D.S. Human microRNA targets // PLoS Biol. 2004. Vol. 2. N 11. P. 363.Cai X., Hagedorn C.H., Cullen B.R. Human micro- RNAs are processed from capped, polyadenylated transcripts hat can also function as mRNAs // RNA. 2004. Vol. 10. N 12. P. 1957—1966.Cai X., Hagedorn C.H., Cullen B.R. Human micro- RNAs are processed from capped, polyadenylated transcripts hat can also function as mRNAs // RNA. 2004. Vol. 10. N 12. P. 1957—1966.Chen J.F., Mandel E.M., Thomson J.M., Wu Q., Cal- lis T.E., Hammond S.M., Conlon F.L., Wang D.Z. The role of microRNA-1 and microRNA-133 in skeletal muscle proliferation and differentiation // Nature Genet. 2006. Vol. 38. N 2. P. 228—233.Chen J.F., Mandel E.M., Thomson J.M., Wu Q., Cal- lis T.E., Hammond S.M., Conlon F.L., Wang D.Z. The role of microRNA-1 and microRNA-133 in skeletal muscle proliferation and differentiation // Nature Genet. 2006. Vol. 38. N 2. P. 228—233.Houbaviy H.B, Dennis L, Jaenisch R., Sharp P.A. Characterization of a highly variable eutherian microRNA gene // RNA. 2005. Vol. 11. N 8. P. 1245—1257.Houbaviy H.B, Dennis L, Jaenisch R., Sharp P.A. Characterization of a highly variable eutherian microRNA gene // RNA. 2005. Vol. 11. N 8. P. 1245—1257.Kawaji H, Severin J., Lizio M, Waterhouse A., Ka- tayama S., Irvine K.M., Hume D.A., Forrest A.R., Suzuki H., Carninci P., Hayashizaki Y., Daub C.O. The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dy¬namic regulation // Genome Biol. 2009. Vol. 10. N 4. P. 40.Kawaji H, Severin J., Lizio M, Waterhouse A., Ka- tayama S., Irvine K.M., Hume D.A., Forrest A.R., Suzuki H., Carninci P., Hayashizaki Y., Daub C.O. The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dy¬namic regulation // Genome Biol. 2009. Vol. 10. N 4. P. 40.Vishnevsky O.V., Kolchanov N.A. ARGO: a web system for the detection of degenerate motifs and large-scale recognition of eukaryotic promoters // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33. Web Server issue. P. 417—422.Vishnevsky O.V., Kolchanov N.A. ARGO: a web system for the detection of degenerate motifs and large-scale recognition of eukaryotic promoters // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33. Web Server issue. P. 417—422.Matys V., Kel-Margoulis O., Fricke E., Liebich I., Land S., Barre-Dirrie A., Reuter I., Chekmenev D., Krull M., Hornischer K., Voss N., Stegmaier P., Lewicki-Potapov B., Sa- xel H, Kel A., Wingender E. TRANSFAC(r) and its module TRANSCompel(r): transcriptional gene regulation in eukaryotes // Nucleic Acids Res. 2006. Vol. 34. Database issue. P. 108—110.Matys V., Kel-Margoulis O., Fricke E., Liebich I., Land S., Barre-Dirrie A., Reuter I., Chekmenev D., Krull M., Hornischer K., Voss N., Stegmaier P., Lewicki-Potapov B., Sa- xel H, Kel A., Wingender E. TRANSFAC(r) and its module TRANSCompel(r): transcriptional gene regulation in eukaryotes // Nucleic Acids Res. 2006. Vol. 34. Database issue. P. 108—110.Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnya- kov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchen- ko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30. N 1. P. 312—317.Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnya- kov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchen- ko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30. N 1. P. 312—317.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.