vestnik-bio-msuВестник Московского университета. Серия 16. БиологияVestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya0137-0952Lomonosov Moscow State University, School of Biologyvestnik-bio-msu-228Research ArticleСтатьиОЦЕНКА ЭВОЛЮЦИОННОЙ СТАБИЛЬНОСТИ ВИРУСА ГРИППА ТИПА А. ПРЕДСКАЗАНИЕ ВАРИАБЕЛЬНЫХ УЧАСТКОВ В ДОМЕННОЙ СТРУКТУРЕ БЕЛКА М1ESTIMATION OF EVOLUTIONAL STABILITY OF INFLUENZA A VIRUS. PREDICTION OF VARIABLE REGIONS IN DOMAIN STRUCTURE OF M1 PROTEINКузнецоваM. A.KuznetsovaM. A.

студентка факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. +7-965-254-59-25

 

mak1989@yandex.ruПековЮ. А.PekovU. A.

студент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. +7-916-641-73-60

yurapekov@gmail.comКсенофонтовА. Л.KsenofontovA. L.

канд. хим. наук, ст. науч. сотр. НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ. Тел. 939-54-08

ksenofon@belozersky.msu.ruКордюковаЛ. В.KordyukovaL. V.

канд. биол. наук, ст. науч. сотр. НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского МГУ. Тел. 939-54-08

 

kord@belozersky.msu.ruДруцаВ. Л.DrutsaV. L.

канд. хим. наук, вед. науч. сотр. НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ. Тел. 939-34-56

drutsa@genebee.msu.suфакультет биоинженерии и биоинформатики МГУRussian Federationфакультет биоинженерии и биоинформатики МГУ;Russian FederationНИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУRussian Federation20102407201504104107Copyright © Кузнецова M.A., Пеков Ю.А., Ксенофонтов А.Л., Кордюкова Л.В., Друца В.Л., 20152015Кузнецова M.A., Пеков Ю.А., Ксенофонтов А.Л., Кордюкова Л.В., Друца В.Л.Kuznetsova M.A., Pekov U.A., Ksenofontov A.L., Kordyukova L.V., Drutsa V.L.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vestnik-bio-msu.elpub.ru/jour/article/view/228

Вирус гриппа является серьезным патогеном человека, который регулярно вызывает эпидемии, а также пандемии с высоким уровнем смертности. Созданы программы для про­ведения статистического анализа замен нуклеотидов в кодирующих областях генов, которые были апробированы на большой выборке штаммов вируса гриппа типа А. Внутренние белки вириона оказались эволюционно стабильными, тогда как поверхностные антигены, а также неструктурный белок NS1 — высоковариабельными. Анализ выборки последова­тельностей матриксного белка М1 показал, что N-домен является крайне консервативным, а М- и С-домены — более изменчивыми. Предсказание внутренней неупорядоченности в пространственной структуре белка М1 по алгоритму DISOPRED выявило высокую структурную пластичность в С-домене.

 

Influenza virus is one of human pathogens, responsible for several pandemics with high death rate. For statistical analysis of coding regions of genes from extensive sample of Influenza A viruses two programs were written. While inner viral proteins appeared to be evolutionary stable, surface antigens and non structural protein NS1 are highly variable. Using written programs to predict evolutionary variable regions inside M1 protein sequence it was shown that N-domain is the most conservative one while M- and C-domains are more variable. In addition, C-domain was shown to be the most unfolded one according to DISOPRED algorithm prediction and, thus, possesses the most structural plasticity.

 

вирус гриппа типа Аэволюционная стабильностьвариабельные участкибелок М1.influenza A virusevolutional stabilityvariable regionsM1 protein.ReferencesInfluenza Virus Database (URL: http://www.ncbi.nlm. nih.gov/genomes/FLU/Database/select.cgi 03.04.2010).Influenza Virus Database (URL: http://www.ncbi.nlm. nih.gov/genomes/FLU/Database/select.cgi 03.04.2010).The DISOPRED2 Prediction of Protein Disorder Server (URL: http://bioinf4.cs.ucl.ac.uk:3000/disopred/04.03.2010)The DISOPRED2 Prediction of Protein Disorder Server (URL: http://bioinf4.cs.ucl.ac.uk:3000/disopred/04.03.2010)Ward J.J., Sodhi J.S., McGuffin L.J., Buxton B.F., Jones D.T. Prediction and functional analysis of native disorder in proteins from the three kingdoms of life // J. Molec. Biol. 2004. Vol. 337. P. 635—645.Ward J.J., Sodhi J.S., McGuffin L.J., Buxton B.F., Jones D.T. Prediction and functional analysis of native disorder in proteins from the three kingdoms of life // J. Molec. Biol. 2004. Vol. 337. P. 635—645.Obenauer J.C. et al. Large-scale sequence analysis of avian influenza isolates // Science. 2006. Vol. 311. P. 1576—1580.Obenauer J.C. et al. Large-scale sequence analysis of avian influenza isolates // Science. 2006. Vol. 311. P. 1576—1580.Sha B, Luo M. Structure of a bifunctional membrane- RNA binding protein, influenza virus matrix protein M1 // Nature Struct. Biol. 1997. Vol. 4. P. 239—244.Sha B, Luo M. Structure of a bifunctional membrane- RNA binding protein, influenza virus matrix protein M1 // Nature Struct. Biol. 1997. Vol. 4. P. 239—244.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.