МУЛЬТИЛОКУСНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ - ИНФОРМАТИВНЫЙ ПОДХОД МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭКОЛОГИИ
https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-7-10
Аннотация
Применение мультилокусного секвенирования в исследовании штаммов Legionella pne- umophyla, выделенных на территории России, позволило получить данные для молекуляр но-экологического анализа сложившейся обстановки. Штаммы грунтовых вод показали сходные аллельные профили в разных удаленных регионах страны. Мутационные процессы в условиях градирен и в областях застоя воды автономной системы водоснабжения имели сходную направленность. При формировании клональных комплексов преобладал механизм рекомбинации. На основе сравнения аллельных профилей штаммов с базой данных EWGLI дана эпидемиологическая оценка изученных штаммов.
Об авторах
О. Л. Воронина
НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН
Россия
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. лаборатории биологически активных наноструктур НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН. Тел. 8-499-193-61-19, 8-916-224-86-83
М. С. Кунда
НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН
Россия
Россия
канд. биол. наук, мл. науч. сотр. лаборатории биологически активных наноструктур НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН. Тел. 8-499-193-61-19
В. Г. Лунин
НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН
Россия
Россия
канд. биол. наук, зав. лабораторией биологически активных наноструктур НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН. Тел. 8-499-193-61-19
А. Л. Гинцбург
НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН
Россия
акад. РАМН, докт. биол. наук, директор НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН. Тел. 8-499-193-30-01
Россия
акад. РАМН, докт. биол. наук, директор НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН. Тел. 8-499-193-30-01
Список литературы
1. Maiden M.C.J., Bygraves J.A., Feil E, Morelli G., Russell J.E., Urwin R., Zhang Q., Zhou J., Zurth K., Cau- gant D.A., Feavers I.M., Achtman M., Spratt B.G. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identificati¬on of clones within populations of pathogenic microorganisms // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. Vol. 95. N 6. P. 3140—3145.
2. Официальный сайт Европейской рабочей группы по легионеллезу (URL: http://www.ewgli.org 13.04.2010).
3. Ratzow S, Gaia V., Helbig J.H., Fry N. Luck P.C. Addition of neuA, the gene encoding N-acylneuraminate cyti- dylyl transferase, increases the discriminatory ability of the consensus sequence-based scheme for typing Legionella pneumophila serogroup 1 strains //J. Clin. Microbiol. 2007. Vol. 45. N 6. P. 1965—1968.
4. Яцишина С.Б., Астахова Т.С., Романенко В.В. и др. Применение молекулярно-генетических методов при рас¬следовании вспышки болезни легионеров в г. Верхняя Пышма // ЖМЭИ. 2008. № 2. C. 23—29.
5. Воронина О.Л., Лунин В.Г. Молекулярно-генетическое типирование Legionella pneumophila серогруппы 1, выделенных в г. Верхняя Пышма, с использованием международных стандартов // ЖМЭИ. 2008. № 2. С. 20—23.
6. Ratcliff R.M., Lanser J.A., Manning P.A., Heuzenroe- der M.W. Sequence-Based Classification Scheme for the Ge¬nus Legionella Targeting the mip Gene //J. Clin. Microbiol. 1998. Vol. 36. N 6. P. 1560—1567
7. Воронина О.Л., Кунда М.С., Лунин В.Г., Карпо¬ва Т.И., Тартаковский И.С. Молекулярно-генетическое типирование штаммов Legionella pneumophila и Legionella species, выделенных на территории Российской Федерации // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2008. Т. 10. № 2. С. 154—162.
8. Основной сайт PubMLST факультета зоологии Оксфордского университета Великобритании (URL: http:// pubmlst.org 15.04.2010).
9. Guttman D.S., Dykhuiszen D.E. Clonal divergence in Escherichia coli as a result of recombination not mutation // Science. 1994. Vol. 266. P. 1380—1383.
10. Diancourt L., Passet V., Chervaux Ch., Garault P., Smokvina T., Brisse S. Multilocus sequence typing of Lac¬tobacillus casei reveals a clonal population structure with low levels of homologous recombination // Appl. Envirom. Microbiol. 2007. Vol. 73. N 20. P. 6601—6611.
Рецензия
Для цитирования:
Воронина О.Л., Кунда М.С., Лунин В.Г., Гинцбург А.Л. МУЛЬТИЛОКУСНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ - ИНФОРМАТИВНЫЙ ПОДХОД МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭКОЛОГИИ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):7-10. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-7-10
For citation:
Voronina O.L., Kunda M.S., Lunin V.G., Gintsburg A.L. MULTILOCUS SEQUENCE TYPING IS IMPORTANT APPROACH OF MOLECULAR ECOLOGY. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):7-10. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-7-10
Просмотров:
488
Послать статью по эл. почте 