СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РЕКОНСТРУКЦИИ ФИЛОГЕНИИ БЕЛКОВ НА МАТЕРИАЛЕ ПРИРОДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-11-13
Аннотация
На материале природных последовательностей проведено сравнение нескольких методов реконструкции филогении белков. Были протестированы программы пакета PHYLIP, а также программы FastME, PhyML и TreeTop. Вопреки исследованиям на симулированных данных наши результаты демонстрируют превосходство программ, принимающих на вход матрицу расстояний, над реализациями метода наибольшего правдоподобия.
Об авторах
М. С. Кривозубов
факультет биоинженерии и биоинформатики и НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ
Россия
студент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. (965)301-12-05
Россия
студент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. (965)301-12-05
С. А. Спирин
факультет биоинженерии и биоинформатики и НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ
Россия
Россия
канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр. НИИФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ. Тел. (495)939-54-14
Список литературы
1. Сайт PHYLIP (URL: http://evolution.genetics.was- hington.edu/phylip.html 05.04.2010).
2. Fitch W.M., Margoliash E. Construction of phylogenetic trees // Science. 1967. Vol. 155. Ñ. 406—416.
3. Cavalli-Sforza L.L, Edwards A.W.F. Phylogenetic analysis: models and estimation procedures // Evolution. 1967. Vol. 32. Ñ. 550—570.
4. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new methods for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol. 1987. Vol. 4. Ñ. 406—425.
5. Sokal R.R., Sneath P.H.A. Numerical Taxonomy. San Francisco: Freeman, 1963. 399 ñ.
6. Hall G.B. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences // Mol. Biol. Evol. 2005. Vol. 22. Ñ. 792—802.
7. Kuhner K.M., Felsenstein J. A simulation comparison of phylogeny algorithms under equal and unequal evolutionary rates // Mol. Biol. Evol. 1994. Vol. 11. Ñ. 459—468. Guindon S., Gascuel O. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likeli¬hood // Syst. Biol. 2003. Vol. 52. Ñ. 696—704.
8. Desper R., Gascuel O. Fast and accurate phylogeny reconstruction algorithms based on minimum-evolution principle // J. of Computation Biology. 2002. N 9. Ñ. 687—705.
9. Юшманов С.В., Чумаков К.М. Алгоритмы кон¬струирования филогенетических деревьев максимально¬го топологического подобия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1998. № 3. С. 9—15.
10. Веб-интерфейс программы TreeTop: (URL: http:// www.genebee.msu.ru/services/phtree_reduced.html 05.04.2010).
11. Finn R.D. et al. The Pfam protein families database // Nucleic Acids Research. 2010. Database Issue 38. Ñ. D211—222.
12. Kimura M. The neutral theory of molecular evolution. Cambridge: Cambridge University Press, 1983. 388 ñ.
Рецензия
Для цитирования:
Кривозубов М.С., Спирин С.А. СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РЕКОНСТРУКЦИИ ФИЛОГЕНИИ БЕЛКОВ НА МАТЕРИАЛЕ ПРИРОДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):11-13. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-11-13
For citation:
Krivozubov M.S., Spirin S.A. COMPARISON OF PROTEIN PHYLOGENY RECONSTRUCTION METHODS ON NATURAL PROTEIN SEQUENCES. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):11-13. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-11-13
Просмотров:
254
Послать статью по эл. почте 