КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА АНАЛИЗА МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭВОЛЮЦИИ ГЕНОВ И БЕЛКОВ: СООТНЕСЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭВОЛЮЦИИ С ЭВОЛЮЦИЕЙ ФЕНОТИПИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ ОРГАНИЗМОВ
https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-14-16
Аннотация
Создана компьютерная система анализа молекулярной эволюции генов и белков SAMEM, основанная на анализе отношения частот фиксации радикальных аминокислотных замен к консервативным (KR/KC) и исследовании скоростей изменения физико-химических свойств аминокислот в эволюции белков (Vp). Для анализа используются все известные физико- химические свойства аминокислот и производится статистическое соотнесение изменения этих свойств с фенотипическими признаками организмов. Это позволяет облегчить интерпретацию подходов KR/KC и VP. SAMEM доступна по адресу http://pixie.bionet.nsc.ru/samem/
Об авторах
К. В. Гунбин
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, г. Новосибирск
Россия
Россия
канд. биол. наук, науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН. Тел. (383)363-49-23
М. А. Генаев
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, г. Новосибирск
Россия
аспирант, Институт цитологии и генетики СО РАН. Тел. (383)363-49-22
Россия
аспирант, Институт цитологии и генетики СО РАН. Тел. (383)363-49-22
Д. А. Афонников
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, г. Новосибирск; Новосибирский государственный университет, г. Новосибирск
Россия
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр., зав. сектором эволюционной биоинформатики Института цитологии и генетики СО РАН, преподаватель НГУ. Тел. (383)363-49-23
Н. А. Колчанов
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, г. Новосибирск; Новосибирский государственный университет, г. Новосибирск
Россия
Россия
докт. биол. наук, акад. РАН, директор Института цитологии и генетики СО РАН, проф., зав. кафедрой информационной биологии факультета естественных наук НГУ. Тел. (383)363-49-80
Список литературы
1. Drummond D.A., Wilke C.O. Mistranslation-induced protein misfolding as a dominant constraint on coding-sequ¬ence evolution // Cell. 2008. Vol. 134. N 2. P. 341—352.
2. Huang Y., Koonin E.V., Lipman D.J., Przytycka T.M. Selection for minimization of translational frameshifting errors as a factor in the evolution of codon usage // Nucleic Acids Res. 2009. Vol. 37. N 20. P. 6799—6810.
3. Zhang J. Rates of conservative and radical nonsynony- mous nucleotide substitutions in mammalian nuclear genes // J. Mol. Evol. 2000. Vol. 50. N 1. P. 56—68.
4. Pupko T., Sharan R., Hasegawa M., Shamir R., Gra- ur D. Detecting excess radical replacements in phylogenetic trees // Gene. 2003. Vol. 319. P. 127—135.
5. Woolley S., Johnson J., Smith M.J., Crandall K.A., McClellan D.A. TreeSAAP: selection on amino acid proper¬ties using phylogenetic trees // Bioinformatics. 2003. Vol. 19. N 5. P. 671—672.
6. Henikoff S., Henikoff J.G. Amino acid substitution matrices from protein blocks // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992. Vol. 89. N 22. P. 10915—10919.
7. Kawashima S., Pokarowski P., Pokarowska M., Kolins- ki A., Katayama T., Kanehisa M. AAindex: amino acid index database, progress report 2008 // Nucleic Acids Res. 2008. Vol. 36. Database issue. P. D202—D205.
8. Fletcher W., Yang Z. INDELible: a flexible simulator of biological sequence evolution // Mol. Biol. Evol. 2009. Vol. 26. N 8. P. 1879—1888.
9. Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyro- coccus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions // BMC Genomics. 2009. Vol. 10. P. 639.
10. Messier W., Stewart C.B. Episodic adaptive evolution of primate lysozymes // Nature. 1997. Vol. 385. N 6612. P. 151—154.
Рецензия
Для цитирования:
Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА АНАЛИЗА МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭВОЛЮЦИИ ГЕНОВ И БЕЛКОВ: СООТНЕСЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭВОЛЮЦИИ С ЭВОЛЮЦИЕЙ ФЕНОТИПИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ ОРГАНИЗМОВ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):14-16. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-14-16
For citation:
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. COMPUTER SYSTEM FOR ANALYSIS OF MOLECULAR EVOLUTION MODES OF PROTEIN-CODING GENES (SAMEM): RELATION OF MOLECULAR EVOLUTION WITH THE PHENOTYPICAL FEATURES OF ORGANISMS. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):14-16. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-14-16
Просмотров:
304
Послать статью по эл. почте 