ИЗУЧЕНИЕ ВСТАВОК ПРЯМЫХ ПОВТОРОВ В МИКРОЭВОЛЮЦИИ МИТОХОНДРИЙ И ПЛАСТИД РАСТЕНИЙ НА ОСНОВЕ КЛАСТЕРИЗАЦИИ БЕЛКОВ
https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2013-1-8-13
Аннотация
На основе кластеризации пластидных белков трех обширных групп растений и водорослей исследованы вставки точных прямых повторов и длины повторяемых участков в пластомах и митохондриях семенных растений. Предположено, что в ходе эволюции некодирующих участков ДНК прямые повторы часто возникают одномоментно, возможно, в результате репликативных ошибок, состоящих в удвоении участка ДНК. Обсуждается роль таких дупликаций в эволюции пластома.
Об авторах
О. А. ЗверковРоссия
мл. науч. сотр., Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН. Тел.: 8-495-694-33-38
Л. Ю. Русин
Россия
канд. биол. наук, науч. сотр. лаборатории геносистематики биологического факультета МГУ, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН. Тел.: 8-495-694-33-38
А. В. Селиверстов
Россия
канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр., Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН. Тел.: 8-495-694-33-38
В. А. Любецкий
Россия
докт. физ.-мат. наук, зав. лаб., Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН. Тел.: 8-495-694-33-38, 8-910-464-69-17
Список литературы
1. Kurtz S., Choudhuri J.V., Ohlebusch E., Schleiermacher C., Stoye J., Giegerich R. REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale // Nuc. Acids Res. 2001. Vol. 29. P. 4633—4642.
2. Yang M., Zhang X. et al. The complete chloroplast genome sequence of date palm (Phoenix dactylifera L.) // PLoS ONE. 2010. Vol. 5. 9. e12762.
3. Greiner S., Wang X., Rauwolf U., Silber M.V., Mayer K., Meurer J., Haberer G., Herrmann R.G. The complete nucleotide sequences of the five genetically distinct plastid genomes of Oenothera, subsection Oenothera: I. Sequence evaluation and plastome evolution // Nuc. Acids Res. 2008. Vol. 36. N 7. P. 2366—2378.
4. Ogihara Y., Terachi T., Sasakuma T. Intramolecular recombination of chloroplast genome mediated by short direct-repeat sequences in wheat species // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. Vol. 85. N 22.P. 8573—8577.
5. Cai Z., Guisinger M., Kim H.G., Ruck E., Blazier J.C., McMurtry V., Kuehl J.V., Boore J., Jansen R.K. Extensive reorganization of the plastid genome of Trifolium subterraneum (Fabaceae) is associated with numerous repeated sequences and novel DNA insertions // J. Mol. Evol. 2008. Vol. 67. N 6. P. 696—704.
6. Timme R.E., Kuehl J.V., Boore J.L., Jansen R.K. A comparative analysis of the Lactuca and Helianthus (Asteraceae) plastid genomes: identification of divergent regions and categorization of shared repeats // Amer. J. Bot. 2007. Vol. 94. N 3. P. 302—312.
7. Moore M.J., Hassan N., Gitzendanner M.A., Bruenn R.A., Croley M., Vandeventer A., Horn J.W., Dhingra A., Brockington S.F., Latvis M., Ramdial J., Alexandre R., Pied- rahita A., Xi Z., Davis C.C., Soltis P.S., Soltis D.E. Phylogenetic analysis of the plastid inverted repeat for 244 species: insights into deeper-level angiosperm relationships from a long, slowly evolving sequence region // Intern. J. Plant Sci. 2011. Vol. 172. N 4. P. 541—558.
8. Honma Y., Yoshida Y., Terachi T., Toriyama K., Mikami T., Kubo T. Polymorphic minisatellites in the mitochondrial DNAs of Oryza and Brassica // Current genetics. 2011. Vol. 57. N 4. P. 261—270.
9. Borsch T., Quandt D. Mutational dynamics and phylogenetic utility of noncoding chloroplast DNA // Plant Syst. Evol. 2009. Vol. 282. P. 169—199.
10. Kelchner S.A. The evolution of non-coding chloroplast DNA and its application in plant systematics // Ann. Missouri Bot. Garden. 2000. Vol. 87. P. 482—498.
11. Ingvarsson P.K., Ribstein S., Taylor D.R. Molecular evolution of insertions and deletion in the chloroplast genome of Silene // Mol. Biol. Evol. 2003. Vol. 20. N 11. P. 1737—1740.
12. Официальный сайт лаборатории Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН (URL: http://lab6.iitp.ru/ru/repeats 25.08.2011).
13. Edgar R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32. P. 1792—1797.
14. Официальный сайт лаборатории Института проблем передачи информации РАН (URL: http://lab6.iitp.ru/en/treeal/25.08.2011).
15. Зверков О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Белковые семейства, специфичные для пластомов небольших таксономических групп водорослей и простейших // Молекулярная биология. 2012. Т. 46. № 5. С. 799—809.
16. Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Прямые повторы в некодирующих областях хлоропластов у семенных растений // Тр. 52-й науч. конф. Моск. физ.-тех. ун-та. 2009. Т. 1. № 1. P. 116—117.
17. Зверков О.А., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Вставки прямых повторов в микроэволюции пластид и митохондрий семенных растений // Информационные процессы. 2012. Т. 12. № 3. С. 191—197.
Рецензия
Для цитирования:
Зверков О.А., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. ИЗУЧЕНИЕ ВСТАВОК ПРЯМЫХ ПОВТОРОВ В МИКРОЭВОЛЮЦИИ МИТОХОНДРИЙ И ПЛАСТИД РАСТЕНИЙ НА ОСНОВЕ КЛАСТЕРИЗАЦИИ БЕЛКОВ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2013;(1):8-13. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2013-1-8-13
For citation:
Zverkov O.A., Rusin L.Y., Seliverstov A.V., Lyubetsky V.A. A STUDY OF DIRECT REPEATS IN MICROEVOLUTION OF PLANT MITOCHONDRIA AND PLASTIDS BASED ON PROTEIN CLUSTERING. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2013;(1):8-13. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2013-1-8-13
Просмотров:
364
Послать статью по эл. почте 