АНАЛИЗ ВЫРОЖДЕННЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МОТИВОВ В ПРОМОТОРАХ ГЕНОВ миРНК, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В РАЗЛИЧНЫХ ТКАНЯХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ
https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-73-75
Аннотация
Разработан метод выявления значимых олигонуклеотидных мотивов в регуляторных районах генов эукариот и проведен компьютерный анализ тканеспецифичных промоторов генов миРНК млекопитающих.
Об авторах
О. В. Вишневский
Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск; кафедра информационной биологии факультета естественных наук Новосибирского государственного университета, г. Новосибирск
Россия
Россия
канд. биол. наук, науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН; НГУ, г. Новосибирск. Тел. (383)363-49-22
К. В. Гунбин
Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск
Россия
Россия
канд. биол. наук, науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН. Тел. (383)363-49-23
А. В. Бочарников
кафедра информационной биологии факультета естественных наук Новосибирского государственного университета, г. Новосибирск
Россия
Россия
студент Новосибирского государственного университета
Е. В. Березиков
Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск; Hubrecht Institute, RNAAS, Utrecht, Netherlands
Россия
Россия
канд. биол. наук, вед. науч. сотр. Института цитологии и генетики СО РАН, Hubrecht Institute, RNAAS, Utrecht, Netherlands
Список литературы
1. John B., Enright A.J., Aravin A., Tuschl T., Sander C., Marks D.S. Human microRNA targets // PLoS Biol. 2004. Vol. 2. N 11. P. 363.
2. Cai X., Hagedorn C.H., Cullen B.R. Human micro- RNAs are processed from capped, polyadenylated transcripts hat can also function as mRNAs // RNA. 2004. Vol. 10. N 12. P. 1957—1966.
3. Chen J.F., Mandel E.M., Thomson J.M., Wu Q., Cal- lis T.E., Hammond S.M., Conlon F.L., Wang D.Z. The role of microRNA-1 and microRNA-133 in skeletal muscle proliferation and differentiation // Nature Genet. 2006. Vol. 38. N 2. P. 228—233.
4. Houbaviy H.B, Dennis L, Jaenisch R., Sharp P.A. Characterization of a highly variable eutherian microRNA gene // RNA. 2005. Vol. 11. N 8. P. 1245—1257.
5. Kawaji H, Severin J., Lizio M, Waterhouse A., Ka- tayama S., Irvine K.M., Hume D.A., Forrest A.R., Suzuki H., Carninci P., Hayashizaki Y., Daub C.O. The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dy¬namic regulation // Genome Biol. 2009. Vol. 10. N 4. P. 40.
6. Vishnevsky O.V., Kolchanov N.A. ARGO: a web system for the detection of degenerate motifs and large-scale recognition of eukaryotic promoters // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33. Web Server issue. P. 417—422.
7. Matys V., Kel-Margoulis O., Fricke E., Liebich I., Land S., Barre-Dirrie A., Reuter I., Chekmenev D., Krull M., Hornischer K., Voss N., Stegmaier P., Lewicki-Potapov B., Sa- xel H, Kel A., Wingender E. TRANSFAC(r) and its module TRANSCompel(r): transcriptional gene regulation in eukaryotes // Nucleic Acids Res. 2006. Vol. 34. Database issue. P. 108—110.
8. Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnya- kov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchen- ko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30. N 1. P. 312—317.
Рецензия
Для цитирования:
Вишневский О.В., Гунбин К.В., Бочарников А.В., Березиков Е.В. АНАЛИЗ ВЫРОЖДЕННЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ МОТИВОВ В ПРОМОТОРАХ ГЕНОВ миРНК, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В РАЗЛИЧНЫХ ТКАНЯХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):73-75. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-73-75
For citation:
Vishnevsky O.V., K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. ANALYSIS OF THE DEGENERATE MOTIVES IN PROMOTERS OF miRNA GENES EXPRESSED IN DIFFERENT TISSUES OF MAMMALIANS. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):73-75. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-73-75
Просмотров:
261
Послать статью по эл. почте 