КЛАСТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СХОДСТВА АССОЦИИРОВАННЫХ С МИКРОТРУБОЧКАМИ И КЛЕТОЧНЫМ ЦИКЛОМ СЕРИН-ТРЕОНИНОВЫХ ПРОТЕИНКИНАЗ ЧЕЛОВЕКА С ИХ РАСТИТЕЛЬНЫМИ ГОМОЛОГАМИ
Аннотация
Обнаружен 191 растительный гомолог протеинкиназ человека, принимающих участие в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции клеточного цикла. Методом объединения соседей (NJ) проведен анализ сходства протеинкиназ.
Об авторах
П. А. Карпов
ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев;
Россия
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр., зав. лабораторией биоинформатики и структурной биологии ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев, Украина. Тел./факс +38(044)5261467
Е. С. Надеждина
Институт белка РАН, г. Москва
Россия
Россия
докт. биол. наук, главный научный сотрудник, зав. группой клеточной биологии Института белка РАН, г. Пущино, Московская обл. Тел. +7 499 1359786, тел./факс +7 499 1352147
А. И. Емец
ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев
Россия
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр., зав. лабораторией клеточной биологии и нанобиотехнологии ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев, Украина. Тел./факс +38(044)5261467
Я. Б. Блюм
ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев
Россия
Россия
акад. НАН Украины, директор института ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев, Украина. Тел.(044)434-3777, факс.: (044)434-4577
Список литературы
1. Amos L.A. Tubulin and microtubules // Nature Encyclopedia of Life Sciences. Chichester: John Wiley & Sons, Ltd., 2005. P. 1—7. (URL: http://www.els.net/ 09.04.2010)
2. Nyporko A.Y., Demchuk O.N., Blume Ya.B. Cold adaptation of plant microtubules: structural interpretation of primary sequence changes in a highly conserved region of a-tu- bulin. Cell Biol. Int. 2003. Vol. 27. P. 241—243.
3. Karpov P.A., Blume Y.B. Bioinformatic search for plant homologues of animal structural MAPs in the Arabidopsis tha- liana genome // The plant cytoskeleton: a key tool for agro- biotechnology / Ed. Ya.B. Blume, W.V. Baird, A.I. Yemets, D. Breviario. Dordrecht: Springer, 2008. P. 373—397.
4. Yemets À., Lloyd Ñ., Blume Ya.B. Plant tubulin phosphorylation and its role in cell cycle progression // The plant cytoskeleton: a key tool for agrobiotechnology / Eds. Ya.B. Blume, W.V. Baird, A.I. Yemets, D. Breviario. Dordrecht: Springer, 2008. P. 145—159.
5. Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Matusov V.G., Nyporko A.Yu., Shashina N.Yu., Blume Ya.B. Bioin- formatic search of plant microtubule- and cell cycle related serine-threonine protein kinases // Proc. of the Int. Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'09). July 20—23. Moscow, 2009. P. 145—147.
6. Scheeff E.D., Bourne P.E. Structural evolution of the protein kinase-like superfamily // PLoS Comput. Biol. 2005. Vol. 1. N 5. P. 49.
7. Карпов П.А., Надеждина Е.С., Емец А.И., Мату- сов В.Г., Ныпорко А.Ю., Шашина Н.Ю., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток // Цитол. и генет. 2009. Т. 43. № 3. С. 63—79.
8. Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Matu- sov V.G., Nyporko A.Yu., Shashina N.Yu., Blume Ya.B. Bioin- formatic search of plant microtubule- and cell cycle related serine-threonine protein kinases // BMC Genomics. 2010. Vol. 11. Suppl 1. P. 14.
9. Карпов П.А., Емец А.И, Матусов В.Г., Ныпор- ко А.Ю., Надеждина Е.С., Блюм Я.Б. Биоинформацион¬ный поиск растительных гомологов Ste20-подобных серин/треониновых протеинкиназ // Цитол. и генет. 2009. Т. 43. № 6. С. 68—77.
10. Карпов П.А., Емец А.И, Матусов В.Г., Ныпорко А.Ю., Надеждина Е.С., Шашина Н.Ю., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных гомологов ассоци¬ированной с микротрубочками протеинкиназы MAST2 // Тр. Никитского бот. сада. 2009. Т. 131. С. 181—187.
11. Korf I, Yandell M, Bedell J. BLAST. Sebastopol: O'Reilly & Associates, 2003. 368p.
12. Claverie J.-M., Notredame C. Bioinformatics for dummies. New York: Wiley Publ., 2007. 436 p.
13. Kumar S., Dudley J., Nei M., Tamura K. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences // Brief. in Bioinform. 2008. Vol. 9. P. 299—306.
14. Champion A., Kreis M., Mockaitis K., Picaud A., Henry Y. Arabidopsis kinome: after the casting // Funct. Integr. Genomics. 2004. Vol. 4. P. 163—187.
15. Hanks S.K., Quinn A.M. Protein kinase catalytic domain sequence database: identification of conserved features of primary structure and classification of family members // Methods Enzymol. 1991. Vol. 200. P. 38—62.
Рецензия
Для цитирования:
Карпов П.А., Надеждина Е.С., Емец А.И., Блюм Я.Б. КЛАСТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СХОДСТВА АССОЦИИРОВАННЫХ С МИКРОТРУБОЧКАМИ И КЛЕТОЧНЫМ ЦИКЛОМ СЕРИН-ТРЕОНИНОВЫХ ПРОТЕИНКИНАЗ ЧЕЛОВЕКА С ИХ РАСТИТЕЛЬНЫМИ ГОМОЛОГАМИ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):95-99.
For citation:
Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Blume Ya.B. THE RESULTS OF CLASTERISATION OF HUMAN MICROTUBULE- AND CELL CYCLE RELATED SERINE-THREONINE PROTEIN KINASES AND THEIR PLANT HOMOLOGUES. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):95-99. (In Russ.)
Просмотров: 188
Послать статью по эл. почте 