THE RESULTS OF CLASTERISATION OF HUMAN MICROTUBULE- AND CELL CYCLE RELATED SERINE-THREONINE PROTEIN KINASES AND THEIR PLANT HOMOLOGUES
Abstract
191 plant homologues of human protein kinases phosphorylating microtubular proteins and regulating cell cycle have been identified. Similarity of plant protein kinases was analysed by neighbor joining clustering.
About the Authors
P. A. Karpov
ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев;
Russian Federation
Russian Federation
E. S. Nadezhdina
Институт белка РАН, г. Москва
Russian Federation
Russian Federation
A. I. Yemets
ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев
Russian Federation
Russian Federation
Ya. B. Blume
ГУ Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, г. Киев
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Amos L.A. Tubulin and microtubules // Nature Encyclopedia of Life Sciences. Chichester: John Wiley & Sons, Ltd., 2005. P. 1—7. (URL: http://www.els.net/ 09.04.2010)
2. Nyporko A.Y., Demchuk O.N., Blume Ya.B. Cold adaptation of plant microtubules: structural interpretation of primary sequence changes in a highly conserved region of a-tu- bulin. Cell Biol. Int. 2003. Vol. 27. P. 241—243.
3. Karpov P.A., Blume Y.B. Bioinformatic search for plant homologues of animal structural MAPs in the Arabidopsis tha- liana genome // The plant cytoskeleton: a key tool for agro- biotechnology / Ed. Ya.B. Blume, W.V. Baird, A.I. Yemets, D. Breviario. Dordrecht: Springer, 2008. P. 373—397.
4. Yemets À., Lloyd Ñ., Blume Ya.B. Plant tubulin phosphorylation and its role in cell cycle progression // The plant cytoskeleton: a key tool for agrobiotechnology / Eds. Ya.B. Blume, W.V. Baird, A.I. Yemets, D. Breviario. Dordrecht: Springer, 2008. P. 145—159.
5. Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Matusov V.G., Nyporko A.Yu., Shashina N.Yu., Blume Ya.B. Bioin- formatic search of plant microtubule- and cell cycle related serine-threonine protein kinases // Proc. of the Int. Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'09). July 20—23. Moscow, 2009. P. 145—147.
6. Scheeff E.D., Bourne P.E. Structural evolution of the protein kinase-like superfamily // PLoS Comput. Biol. 2005. Vol. 1. N 5. P. 49.
7. Карпов П.А., Надеждина Е.С., Емец А.И., Мату- сов В.Г., Ныпорко А.Ю., Шашина Н.Ю., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных протеинкиназ, участвующих в фосфорилировании белков микротрубочек и регуляции деления клеток // Цитол. и генет. 2009. Т. 43. № 3. С. 63—79.
8. Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Matu- sov V.G., Nyporko A.Yu., Shashina N.Yu., Blume Ya.B. Bioin- formatic search of plant microtubule- and cell cycle related serine-threonine protein kinases // BMC Genomics. 2010. Vol. 11. Suppl 1. P. 14.
9. Карпов П.А., Емец А.И, Матусов В.Г., Ныпор- ко А.Ю., Надеждина Е.С., Блюм Я.Б. Биоинформацион¬ный поиск растительных гомологов Ste20-подобных серин/треониновых протеинкиназ // Цитол. и генет. 2009. Т. 43. № 6. С. 68—77.
10. Карпов П.А., Емец А.И, Матусов В.Г., Ныпорко А.Ю., Надеждина Е.С., Шашина Н.Ю., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск растительных гомологов ассоци¬ированной с микротрубочками протеинкиназы MAST2 // Тр. Никитского бот. сада. 2009. Т. 131. С. 181—187.
11. Korf I, Yandell M, Bedell J. BLAST. Sebastopol: O'Reilly & Associates, 2003. 368p.
12. Claverie J.-M., Notredame C. Bioinformatics for dummies. New York: Wiley Publ., 2007. 436 p.
13. Kumar S., Dudley J., Nei M., Tamura K. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences // Brief. in Bioinform. 2008. Vol. 9. P. 299—306.
14. Champion A., Kreis M., Mockaitis K., Picaud A., Henry Y. Arabidopsis kinome: after the casting // Funct. Integr. Genomics. 2004. Vol. 4. P. 163—187.
15. Hanks S.K., Quinn A.M. Protein kinase catalytic domain sequence database: identification of conserved features of primary structure and classification of family members // Methods Enzymol. 1991. Vol. 200. P. 38—62.
Review
For citations:
Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.I., Blume Ya.B. THE RESULTS OF CLASTERISATION OF HUMAN MICROTUBULE- AND CELL CYCLE RELATED SERINE-THREONINE PROTEIN KINASES AND THEIR PLANT HOMOLOGUES. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):95-99. (In Russ.)
Views:
253
Email this article 