ОБНАРУЖЕНИЕ АНАЭРОБНЫХ СУЛЬФАТРЕДУЦИРУЮЩИХ БАКТЕРИЙ В КИСЛОРОДСОДЕРЖАЩИХ ВЕРХНИХ ВОДНЫХ ГОРИЗОНТАХ ЧЕРНОГО И БАЛТИЙСКОГО МОРЕЙ

Методами флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) и ПЦР был проведен анализ фило-
генетического состава сообществ анаэробных сульфатредуцирующих бактерий (СРБ) в кислородсодержащих верхних водных горизонтах меромиктических водоемов — Черного моря и Гданьской впадины Балтийского моря. На глубинах 30–70 м черноморского континентального склона были обнаружены клетки, гибридизовавшиеся с FISH-зондами на 16S рРНК СРБ родов Desulfotomaculum, Desulfobacter и Desulfovibrio. В зоне хемоклина Черного моря на глубине 150 м преобладали представители рода Desulfomicrobium. Помимо Desulfotomaculum (1-я подгруппа СРБ), Desulfobacter (4-я подгруппа СРБ) и Desulfovibrio-Desulfomicrobium (6-я подгруппа СРБ) посредством вложенной ПЦР с праймерами на ген 16S рРНК в кислородсодержащей водной толще Черного и Балтийского морей было обнаружено также присутствие представителей 5-й подгруппы СРБ — Desulfococcus-Desulfonema-Desulfosarcina. Из водной пробы, отобранной в Черном море с глубины 70 м, выделена активная накопительная культура СРБ, основным компонентом которой является Desulfosporosinus sp.

1. Murray J.W., Jannash H.W., Honjo S., Anderson R.F., Reeburgh W.S., Top Z., Friederich G.E., Codispoti L.A., Izdar E. Unexpected changes in the oxic/anoxic interface in the Black Sea // Nature. 1989. Vol. 338. N 6214. P. 411–413.

2. Bryukhanov A.L., Korneeva V.A., Kanapatskii T.A., Zakharova E.E., Men’ko E.V., Rusanov I.I., Pimenov N.V. Investigation of the sulfate-reducing bacterial community in the aerobic water and chemocline zone of the Black Sea by the FISH technique // Microbiology. 2011. Vol. 80. N 1. P. 108–116.

3. Kot-Wasik A., Zukowska B., Dąbrowska D., Dębska J., Pacyna J., Namieśnik J. Physical, chemical, and biological changes in the Gulf of Gdańsk ecosystem (southern Baltic Sea) // ev. Environ. Contam. Toxicol. 2003. Vol. 179. N 1. P. 1–36.

4. Pimenov N.V., Rusanov I.I., Yusupov S.K., Fridrich J., Lein A.Yu., Wehrli B., Ivanov M.V. Microbial processes at the aerobic-anaerobic interface in the deep-water zone of the Black Sea // Microbiology. 2000. Vol. 69. N 4. P. 527–540.

5. Brioukhanov A., Pieulle L., Dolla A. Antioxidative defense systems of anaerobic sulfate-reducing microorganisms // Current research, technology and education topics in applied microbiology and microbial biotechnology. Vol. 1. Microbiology book series / Ed. by A. Méndez-Vilas. Badajoz: Formatex Research Center, 2010. P. 148–159.

6. de Rezende J.R., Kjeldsen K.U., Hubert C.R., Finster K., Loy A., Jørgensen B.B. Dispersal of thermophilic Desulfotomaculum endospores into Baltic Sea sediments over thousands of years // ISME J. 2013. Vol. 7. N 1. P. 72–84.

7. Daly K., Sharp R.J., McCarthy A.J. Development of oligonucleotide probes and PCR primers for detecting phylogenetic subgroups of sulfate-reducing bacteria // Microbiology- SGM. 2000. Vol. 146. N 7. P. 1693–1705.

8. Amann R.I., Zarda B., Stahl D.A., Schleifer K.H. Identification of individual prokaryotic cells by using enzyme-labeled, rRNA-targeted oligonucleotide probes // Appl. Environ. Microbiol. 1992. Vol. 58. N 9. P. 3007–3011.

9. Devereux R., Kane M.D., Winfrey J., Stahl D.A. Genusand group-specific hybridization probes for determinative and environmental studies of sulfate-reducing bacteria // Syst. Appl. Microbiol. 1992. Vol. 15. N 4. P. 601–609.

10. Hristova K.R., Mau M., Zheng D., Aminov R.I., Mackie R.I., Gaskins H.R., Raskin L. Desulfotomaculum genusand subgenus-specific 16S rRNA hybridization probes for environmental studies // Environ. Microbiol. 2000. Vol. 2. N 2. P. 143–159.

11. Lücker S., Steger D., Kjeldsen K.U., MacGregor B.J., Wagner M., Loy A. Improved 16S rRNA-targeted probe set for analysis of sulfate-reducing bacteria by fluorescence in situ hybridization // J. Microbiol. Meth. 2007. Vol. 69. N 3. P. 523–528.

12. Edwards U., Rogall T., Blöcker H., Emde M., Böttger E.C. Isolation and direct complete nucleotide determination of entire genes. Characterization of a gene coding for 16S ribosomal RNA // Nucleic Acids Res. 1989. Vol. 17. N 19. P. 7843–7853.

13. Geets J., Borremans B., Diels L., Springael D., Vangronsveld J., van der Lelie D., Vanbroekhoven K. DsrB genebased DGGE for community and diversity surveys of ulfatereducing bacteria // J. Microbiol. Meth. 2006. Vol. 66. N 2. P. 194–205.

14. Widdel F., Back F. The genus Desulfotomaculum // The Prokaryotes. 3rd ed. Vol. 4 / Ed. by M. Dworkin, S. Falkow, E. Rosenberg, K.H. Schleifer, E. Stackebrandt. N.Y.: Springer, 1992. P. 787–794.

15. Trüper H.G., Schlegel H.G. Sulfur metabolism in Thiorhodaceae. I. Quantitative measurements on growing cells of Chromatium okenii // Antonie van Leeuwenhoek. 1964. Vol. 30. N 1. P. 225–238.

16. Muyzer G., Brinkhoff T., Nübel U., Santegoeds C., Schäfer H., Wawer C. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) in microbial ecology // Molecular microbial ecology manual / Ed. by A.D.L. Akkermans, J.D. van Elsas, F.J. de Bruijn. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1997. P. 1–23.

17. Vetriani C., Tran H.V., Kerkhof L.J. Fingerprinting microbial assemblages from the oxic/anoxic chemocline of the Black Sea // Appl. Environ. Microbiol. 2003. Vol. 69. N 11. P. 6481–6488.

18. Neretin L.N., Abed R.M., Schippers A., Schubert C.J., Kohls K., Kuypers M.M. Inorganic carbon fixation by sulfatereducing bacteria in the Black Sea water column // Environ. Microbiol. 2007. Vol. 9. N 12. P. 3019–3024.