О природе протяженных нуклеотидных повторов в геномах прокариотических организмов
Аннотация
Материалы международной конференции “Физиология микроорганизмов в природных и экспериментальных системах”, посвященной памяти проф. М.В. Гусева. МГУ. Биологический факультет. 16—19 мая 2006 г.
Об авторах
Л. Е. Михеева
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова
Россия
кафедра генетики
Россия
кафедра генетики
Е. А. Карбышева
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова
Россия
кафедра генетики
Россия
кафедра генетики
С. В. Шестаков
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова
Россия
кафедра генетики
Россия
кафедра генетики
Список литературы
1. Михеева Л.Е., Карбышева Е.А., Шестаков С.В. 2006. Эволюционная геномика прокариот: протяженные повторяющиеся последовательности, связанные с IS-элементами и генами, кодирующими транспозазы // Открытое образование. № 3 (Мат-лы междунар. науч. конф. “Новые информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии”). М. С. 28—30.
2. Михеева Л.Е., Орлов Ю.Л., Колчанов Н.А., Шестаков С.В. 2005. Филогенетический анализ совершенных повторов в геномах одноклеточных цианобактерий // Экологическая генетика. 3. 15—21.
3. Орлов Ю.Л. 2004. Анализ повторов в полных бактериальных геномах // Тр. III съезда ВОГиС “Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития”. Москва, 6—12 июня 2004. М. Т. 2. Р. 364.
4. Турова Т.П. 2003. Мультикопийность рибосомных оперонов прокариот и ее влияние на проведение филогенетического анализа // Микробиология. 72. № 1. 437—452.
5. Achaz G., Rocha E.P., Netter P., Coissac E. 2002. Origin and fate of repeats in bacteria // Nucleic Acid Research. 30. 2987—2994.
6. Belfort M., Derbyshire V., Cousineau B., Lambowitz A. 2002. Mobile introns: pathway and proteins // Mobile DNA II / Eds. N. Craig, R. Craigie, M. Gellert, A. Lambowitz. Washington. P. 761—783.
7. Bhaya D., Dufresne A., Vaulot D., Grossman A. 2002. Analysis of the hli family in marine and freshwater cyanobacteria // FEMS Microbiol Lett. 215. 209—219.
8. Bibby T.S., Mary I., Nield J., Partensky F., Barber J. 2003. Low-light-adapted Prochlorococcus species possess specific antennae for each photosystem // Nature. 424. 1051—1054.
9. Bonen L., Vogel J. 2001. The ins and outs of group II introns // Trends Genet. 17. 322—331.
10. Bordenstein S.R. , Reznikoff W.S. 2005. Mobile DNA in obligate intracellular bacteria // Nature Rev. (Microbiol.). 3. 688—699.
11. Frost L.S., Leplae R., Summers A.O., Toussaint A. 2005. Mobile genetic elements: the agents of open source evolution // Nat. Rev. Microbiol. 3. 722—732.
12. Henz S.R., Huson D.H., Auch A.F., Nieselt-Struwe K., Schuster S.C. 2005. Whole-genome prokaryotic phylogeny // Bioinformatics. 21. 2329—2335.
13. Mahillon J., Leonard C., Chandler M. 1999. IS elements as constituents of bacterial genomes // Res.Microbiol. 150. 675—687.
14. Oggioni M., Claverys J. 1999. Repeated extragenic sequences in prokaryotic genomes: a proposal for the origin and dynamics of the RUP element in Streptococcus pneumoniae // Microbiol. 145. 2647—2653.
15. Orlov Y.L., Gusev V.D., Miroshnichenko L.A. 2003. LZcomposer: Decomposition of genomic sequences by repeat fragments // Biofizika (Mosk). 48. Suppl. 1. 7—16.
16. Orlov Y.L., Potapov V.N., Poplavsky A.S. 2004. Computer analysis of genomic sequence complexity: new applications // Proceedings of BGRS’2004. Vol. 1. Novosibirsk. P. 153—157.
17. Rogozin I.B., Makarova K.S., Natale D.A., Spiridonov A.N., Tatusov R.L., Wolf Y.I., Yin J., Koonin E.V. 2002. Congruent evolution of different classes of non-coding DNA in prokaryotic genomes // Nucleic Acids Res. 30. 4264—4271.
18. Salanoubat M., Genin S., Artiguenave F. et al. 2002. Genome sequence of the plant pathogen Ralstonia solanacearum // Nature. 415 (6871). 497—502.
19. Schneider D., Lenski R.I. 2004. Dynamics insertion sequence elements during experimental evolution of bacteria // Res. Microbiol. 155. 319—327.
20. Siguier P., Perochon J., Lestrade L., Mahillon J., Chandler M. 2006. ISfinder: the reference centre for bacterial insertions sequences // Nucleic Acid Research. 34. 32—36.
21. Takaki Y., Matsuki A., Chee G.J., Takami H. 2004. Identification and distribution of new insertion sequences in the genome of the extremely halotolerant and alkaliphilic Oceanobacillus iheyensis HTE831 // DNA Res. 11. 233—245.
Рецензия
Для цитирования:
Михеева Л.Е., Карбышева Е.А., Шестаков С.В. О природе протяженных нуклеотидных повторов в геномах прокариотических организмов. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2008;(1):14-22.
For citation:
Mikheeva L.E., Karbysheva E.A., Shestakov S.V. On the nature of lengthy nucleotide repeated sequences in genomes of prokaryotic organisms. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2008;(1):14-22. (In Russ.)
Просмотров:
166
Послать статью по эл. почте 