МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ НЕТРАНСКРИБИРУЕМОГО СПЕЙСЕРА 5S-рДНК У HIPPOPHAE RHAMNOIDES L.
Аннотация
Амплификация нетранскрибируемого спейсера 5S-рДНК облепихи крушиновидной (Hippophae rhamnoides L.) с помощью праймеров, подобранных на фланги соседних кодирующих областей, показала наличие единичного фрагмента. Данный фрагмент был клонирован и секвенирован. Было обнаружено, что длина нетраскрибируемого спейсера облепихи составляет 807 п.о. Анализ последовательности показал высокий уровень гомологии с ранее описанными микросателлитными локусами облепихи, лоха серебристого (Elaeagnus angustifolia L.) и джузгуна (Calligonum mongolicum Turcz.), включающими мотив (GA)9. Полученные результаты могут быть полезны для дальнейшего изучения организации генов рибосомной РНК.
Об авторах
О. С. Александров
Российский государственный аграрный университет — Московская сельскохозяйственная академия имени К.А. Тимирязева, Москва
Россия
Александров Олег Сергеевич — кандидат биологических наук, ст. научный сотрудник Центра молекулярной биотехнологии
Россия
Александров Олег Сергеевич — кандидат биологических наук, ст. научный сотрудник Центра молекулярной биотехнологии
А. В. Евтухов
Российский государственный аграрный университет — Московская сельскохозяйственная академия имени К.А. Тимирязева, Москва
Россия
Евтухов Алексей Владимирович — лаборант-исследователь Центра молекулярной биотехнологии
Россия
Евтухов Алексей Владимирович — лаборант-исследователь Центра молекулярной биотехнологии
И. И. Киселёв
Российский государственный аграрный университет — Московская сельскохозяйственная академия имени К.А. Тимирязева, Москва
Россия
Киселёв Илья Игоревич — аспирант Центра молекулярной биотехнологии
Россия
Киселёв Илья Игоревич — аспирант Центра молекулярной биотехнологии
Г. И. Карлов
Российский государственный аграрный университет — Московская сельскохозяйственная академия имени К.А. Тимирязева, Москва
Россия
Карлов Геннадий Ильич — доктор наук, руководитель Центра молекулярной биотехнологии
Россия
Карлов Геннадий Ильич — доктор наук, руководитель Центра молекулярной биотехнологии
Список литературы
1. Martins C. Wasko A.P. Organization and evolution of 5S ribosomal DNA in the fish genome // Focus on Genome Research / Eds. C.R. Williams. Hauppauge: Nova Science Publishers, 2004. P. 289–319.
2. Wicke S., Costa A., Muñoz J., Quandt D. Restless 5S: the re-arrangement(s) and evolution of the nuclear ribosomal DNA in land plants // Mol. Phylogenet. Evol. 2011. Vol. 61. N 2. P. 321–332.
3. Vierna J., Wehner S., Höner zu Siederdissen C., Martínez-Lage A., Marz M. Systematic analysis and evolution of 5S ribosomal DNA in metazoans // Heredity. 2013. Vol. 111. N 5. P. 410–421.
4. Pendas A.M., Moran P., Martinez J.L., Garcia-Vasquez E. Applications of 5S rDNA in Atlantic salmon, brown trout, and in Atlantic salmon × brown trout hybrid identification // Mol. Ecol. 1995. Vol. 4. N 2. P. 275–276.
5. Liu Z.L., Zhang D., Wang X.Q., Ma X.F. Intragenomic and interspecific 5S rDNA sequence variation in five asian pines // Am. J. Bot. 2003. Vol. 90. N 1. P. 17–24.
6. Mythili Avadhani M.N., Immanuel Selvaraj C., Tharachand C., Rajasekharan P.E. Molecular characterization of medicinal and aromatic plants by 5S rRNA NTS and PCR RFLP — A mini review // Res. Biotechnol. 2012. Vol. 3. N 2. P. 41–48.
7. Brown G.R., Carlson J.E. Molecular cytogenetics of the genes encoding 18s–5.8s–26s rRNA and 5s rRNA in two species of spruce (Picea) // Theor. Appl. Genet. 1997. Vol. 95. N 1–2. P. 1–9.
8. Schmidt T., Schwarzacher T., Heslop-Harrison J.S. Physical mapping of rRNA genes by fluorescent in situ hybridization and structural analysis of 5S rRNA genes and intergenic spacer sequences in sugar beet (Beta vulgaris) // Theor. Appl. Genet. 1994. Vol. 88. N 6. P. 629–636.
9. Wilson N. Genome analysis of Populus species: assessment of genetic diversity of P. deltoides, characterization of wide hybrids and phylogenetic analysis using molecular markers. New Delhi: Teri University, 2013. 177 p.
10. Александров О.С., Карлов Г.И., Сорокин А.Н., Потапенко Н.Х. Создание системы молекулярных маркеров для видовой идентификации представителей рода Тополь и анализа гибридов // Материалы III Всероссийской молодёжной конференции с участием иностранных учёных “Перспективы развития и проблемы современной ботаники” (Новосибирск, 10–14 ноября 2014 г.). Новосибирск: Академиздат, 2014. C. 123–124.
11. Islam A., Sinha P., Sharma S.S., Negi M.S., Tripathi S.B. Isolation and characterization of novel polymorphic microsatellite loci in Hippophae rhamnoides // Proc. Natl. Acad. Sci., India, Sect. B. Biol. Sci. 2015. DOI: 10.1007/s40011-0150646-2.
12. Truta E., Capraru G., Rosu C.M., Zamfirache M.M., Olteanu Z., Manzu C. Morphometric pattern of somatic chromosomes in three Romanian seabuckthorn genotypes // Caryologia. 2011. Vol. 64. N 2. P. 189–196.
13. Zhou X., Ma J., Wang W., Gong N., Liu J. Genome size of the diploid hybrid species Hippophae goniocarpa and its parental species, H. rhamnoides ssp. sinensis and H. neurocarpa ssp. neurocarpa (Elaeagnaceae) // Acta Biol. Cracoviensia Ser. Bot. 2010 Vol. 52. N 2. P. 12–16.
14. Doyle J.J., Doyle J.L. Isolation of plant DNA from fresh tissue // Focus. 1990. Vol. 12. N 1. P. 13–15.
15. GeneDoc: Analysis and visualization of genetic variation [Электронный ресурс]. 1997. URL: http://www.nrbsc. org/gfx/genedoc/ebinet.htm (дата обращения: 10.08.2016).
16. Negi M.S., Rajagopal J., Chauhan N., Cronn R., Lakshmikumaran M. Length and sequence heterogeneity in 5S rDNA of Populus deltoides // Genome. 2002. Vol. 45. N 6. P. 1181–1188.
17. Fernández M., Ruiz M.L., Linares C., Fominaya A., Pérez de la Vega M. 5S rDNA genome regions of Lens species // Genome. 2005. Vol. 48. N 5. P. 937–942.
18. Cruz V.P., Oliveira C., Foresti F. An intriguing model for 5S rDNA sequences dispersion in the genome of freshwater stingray Potamotrygon motoro (Chondrichthyes: Potamotrygonidae) // Mol. Biol. 2015. Vol. 49. N 3. P. 466-469.
19. Campo D., Machado-Schiaffino G., Horreo J.L., Garcia-Vazquez E. Molecular organization and evolution of 5S rDNA in the genus Merluccius and their phylogenetic implications // J. Mol. Evol. 2009. Vol. 68. N 3. P. 208–216.
20. Deiana A.M., Cau A., Salvadori S., Coluccia E., Cannas R., Milia A. Tagliavini J. Major and 5S ribosomal sequences of the largemouth bass Micropterus salmoides (Perciformes, Centrarchidae) are localized in GC-rich regions of the genome // Chromosome Res. 2000. Vol. 8. N 3. P. 213–218. 2
21. Moran P., Garcia-Vazquez E. Identification of highly prized commercial fish using a PCR-based methodology // Biochem. Mol. Biol. Educ. 2006. Vol. 34. N 2. P. 121–124.
22. Ota K., Tateno Y., Gojobori T. Highly differentiated andconserved sex chromosome in fish species (Aulopus japonicus: Teleostei, Aulopidae) // Gene. 2003. Vol. 317. N 1–2. P. 187–193.
23. Gornung E., De Innocentilis S., Annesi F., Sola L. Zebrafish 5S rRNA genes map to the long arms of chromosome 3 // Chromosome Res. 2000.Vol. 8. N 4. P. 362.
24. Gaskin J.F., Hufbauer R.A., Bogdanowicz S.M. Microsatellite markers for Russian olive (Elaeagnus angustifolia; Elaeagnaceae) // Appl. Plant Sci. 2013. Vol. 1. N 9. P. 1300013.
25. Zhang Q. Zhu X.T. Microsatellite DNA loci from the drought desert plant Calligonum mongolicum Turcz. (Polygonaceae) // Con. Gen. 2009. Vol. 10. N 6. P. 1891–1893.
Рецензия
Для цитирования:
Александров О.С., Евтухов А.В., Киселёв И.И., Карлов Г.И. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ НЕТРАНСКРИБИРУЕМОГО СПЕЙСЕРА 5S-рДНК У HIPPOPHAE RHAMNOIDES L. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2016;(4):57-60.
For citation:
Alexandrov O.S., Evtukhov A.V., Kiselev I.I., Karlov G.I. MOLECULAR GENETIC FEATURES OF 5S rDNA NON-TRANSCRIBED SPACER IN HIPPOPHAE RHAMNOIDES L. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2016;(4):57-60. (In Russ.)
Просмотров:
353
Послать статью по эл. почте 