ОЧИСТКА ДНК-БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ С ПОМОЩЬЮ НАТИВНОГО ГЕЛЬ-ЭЛЕКТРОФОРЕЗА ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ В ЭЛЕКТРОННОМ МИКРОСКОПЕ
Аннотация
Электрофоретическое разделение в нативных условиях может быть использовано для очистки белковых молекул, а также их комплексов с ДНК и другими лигандами. В данной работе этот метод использован для разделения фракций моно- и динуклеосом. Показана принципиальная возможность специфического выделения комплексов ДНК с белком размером около 200 кДа из нативного геля в препаративных количествах для изучения с помощью электронной микроскопии. Получены двумерные проекционные структуры нуклеосом с разрешением 25 Å. Проведено сравнение электронно-микроскопических изображений нуклеосом до и после выделения из нативного полиакриламидного геля. Выявлено, что ориентация нуклеосом на углеродной подложке до и после электрофоретического разделения различна.
Об авторах
М. Е. Валиева
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Россия
Россия
аспирант кафедры биоинженерии биологического факультета,
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
Н. И. Деркачева
Московский государственный медико-стоматологический университет имени А.И. Евдокимова
Россия
Россия
канд. биол. наук, доц. кафедры биохимии,
127473, г. Москва, ул. Делегатская, д. 20, стр. 1
О. С. Соколова
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Россия
Россия
докт. биол. наук, доц. кафедры биоинженерии биологического факультета,
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
Список литературы
1. Clapier C., Cairns B. The biology of chromatin remodeling complexes // Annu. Rev. Biochem. 2009. Vol. 78. P. 273–304.
2. Vignali M., Hassan A., Neely K., Workman J. ATPdependent chromatin-remodeling complexes// Mol. Cell. Biol. 2000. Vol. 20. N 6. P. 1899–1910.
3. Kornberg R.D., Thomas J.O. Chromatin structure; oligomers of the histones // Science. 1974. Vol. 184. N 4139. P. 865–868.
4. Luger K., Mäder A.W., Richmond R.K., Sargent D.F., Richmond T.J. Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 Å res-olution // Nature. 1997. Vol. 389. N 6648. P. 251–260.
5. Arents G., Moudrianakis E.N. The histone fold: a ubiquitous architectural motif utilized in DNA compaction and protein dimerization // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995. Vol. 92. N 24. P. 11170–11174.
6. Dechassa M.L., Zhang B., Horowitz-Scherer R., Persinger J., Woodcock C.L., Peterson C.L., Bartholomew B. Architecture of the SWI/SNF-nucleosome complex // Mol. Cell. Biol. 2008. Vol. 28. N 19. P. 6010–6021.
7. Feser J., D.T., Das C., Carson J.J., Kieft J., Harkness T., Tyler J.K. Elevated histone expression promotes life span extension // Mol. Cell. 2010. Vol. 39. N 5. P. 724–735.
8. Ljungman M., Hanawalt P. Efficient protection against oxidative DNA damage in chromatin // Mol. Carcinog. 1992. Vol. 5. N 4. P. 264–269.
9. Enright H.U., Miller W.J., Hebbel R.P. Nucleosomal histone protein protects DNA from iron mediated damage // Nucleic. Acids Res. 1992. Vol. 20. N 13. P. 3341–3346.
10. van Heel M., Gowen B., Matadeen R., Orlova E.V., Finn R., Pape T., Cohen D., Stark H., Schmidt R., Schatz M., Patwardhan A. Single-particle electron cryo-microscopy: towards atomic resolution // Q. Rev. Biophys. 2000. Vol. 33. N 4. P. 307–369.
11. Knispel R.W., Kofler C., Boicu M., Nickel W.B.S. Blotting protein complexes from native gels to electron microscopy grids // Nat. Methods. 2012. Vol. 9. N 2. P. 182–184.
12. Pestov N.A., Gerasimova N.S., Kulaeva O.I., Studitsky V.M. Structure of transcribed chromatin is a sensor of DNA damage // Sci. Adv. 2015. Vol. 1. N 6. e1500021.
13. Gaykalova D.A., Kulaeva O.I., Bondarenko V.A., Studitsky V.M. Preparation and analysis of uniquely positioned mononucleosomes // Methods Mol. Biol. 2009. Vol. 523. P. 109–123.
14. van Heel M., Harauz G., Orlova E.V., Schmidt R., Schatz M. A new generation of the IMAGIC image processing system // J. Struct. Biol. 1996. Vol. 116. N 1. P. 17–24.
15. Frank J., Wagenknecht T., McEwen B.F., Marko M., Hsieh C.E., Mannella C.A. Three-dimensional imaging of biological complexity // 2002. J. Struct. Biol. Vol. 138. N 1–2. P. 85–91.
16. Henderson R. The potential and limitations of neutrons, electrons and X-rays for atomic resolution microscopy of unstained biological molecules // Q. Rev. Biophys. 1995. Vol. 28. N 2. P. 171–193.
17. Glaeser R.M. How good can cryo-EM become? // Nat. Methods. 2012. Vol. 13. N 1. P. 28–32.
18. Asturias F.J., Chung W.H., Kornberg R.D., Lorch Y. Structural analysis of the RSC chromatin remodeling complex // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002. Vol. 99. N 21. P. 13477–13480.
19. Davey C.A., Sargent D.F., Luger K., Maeder A.W., Richmond T.J. Solvent mediated interactions in the structure of the nucleosome core particle at 1.9 Å resolution // J. Mol. Biol. 2002. Vol. 319. N 5. P. 1097–1113.
Рецензия
Для цитирования:
Валиева М.Е., Деркачева Н.И., Соколова О.С. ОЧИСТКА ДНК-БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ С ПОМОЩЬЮ НАТИВНОГО ГЕЛЬ-ЭЛЕКТРОФОРЕЗА ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ В ЭЛЕКТРОННОМ МИКРОСКОПЕ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2017;72(1):3-8.
For citation:
Valieva M.E., Derkacheva N.I., Sokolova O.S. PURIFICATION OF PROTEIN-DNA COMPLEXES BY NATIVE GEL ELECTROPHORESIS FOR ELECTRON MICROSCOPY STUDY. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2017;72(1):3-8. (In Russ.)
Просмотров:
401
Послать статью по эл. почте 