Реконструкция осевой фибриллы Stx-конвертирующего бактериофага phi24B с помощью криоэлектронной микроскопии
https://doi.org/10.55959/MSU0137-0952-16-80-3S-15
Аннотация
Методом криоэлектронной микроскопии была изучена структура осевой фибриллы gp56, части адсорбционного аппарата Stx-конвертирующего фага phi24B. Осевая фибрилла обладает значительной подвижностью, тример gp56 окружен массивным комплексом гексамерного белка сопла gp57, что создает интерфейс несовпадения симметрий и затрудняет построение трехмерной реконструкции. С применением подхода расширения симметрии и локального уточнения ориентаций была получена карта рассеивающего потенциала для осевой фибриллы, визуализирована третичная структура ее глобулярных доменов и определено их расположение относительно белков адсорбционного аппарата phi24B.
При поддержке: Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (проект № 25-24 00110).
Об авторах
А. А. Моисеенко
Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Россия
Россия
Моисеенко Андрей Владимирович – науч. сотр. кафедры биоинженерии биологического факультета
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
Тел.: 8-495-939-57-38
М. А. Бубенчиков
Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Россия
Россия
Бубенчиков Матвей Андреевич – лаборант кафедры биоинженерии биологического факультета
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
Тел.: 8-495-939-57-38
И. Чжан
Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Биологический факультет, Университет МГУ-ППИ в Шэньчжэне
Россия
Россия
Чжан Ичен – аспирант кафедры биоинженерии биологического факультета
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
518172, Провинция Гуандун, г. Шэньчжэнь, ул. Гоцзидасюеюань, д. 1
Тел.: 8-495-939-57-38
А. С. Кузнецов
Институт микробиологии имени С.Н. Виноградского, Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии», Российская академия наук
Россия
Россия
Кузнецов Александр Сергеевич – канд. биол. наук, науч. сотр. лаборатории вирусов микроорганизмов
117312, г. Москва, пр-т 60-летия Октября, д. 7, корп. 2
Тел.: 8-499-135-72-64
А. В. Летаров
Институт микробиологии имени С.Н. Виноградского, Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии», Российская академия наук
Россия
Россия
Летаров Андрей Викторович – докт. биол. наук, зав. лабораторией вирусов микроорганизмов
117312, г. Москва, пр-т 60-летия Октября, д. 7, корп. 2
Тел.: 8-499-135-72-64
О. С. Соколова
Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Биологический факультет, Университет МГУ-ППИ в Шэньчжэне
Россия
Россия
Соколова Ольга Сергеевна – докт. биол. наук, проф. кафедры биоинженерии биологического факультета
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
518172, Провинция Гуандун, г. Шэньчжэнь, ул. Гоцзидасюеюань, д. 1
Тел.: 8-495-939-57-38
Список литературы
1. Allison H.E. Stx-phages: Drivers and mediators of the evolution of STEC and STEC-like pathogens. Future Mi crobiol. 2007;2(2):165–174.
2. Beutin L., Martin A. Outbreak of shiga toxin–pro ducing Escherichia coli (STEC) O104:H4 infection in Ger many causes a paradigm shift with regard to human patho genicity of STEC strains. J. Food Prot. 2012;75(2):408–418.
3. Smith D.L., Wareing B.M., Fogg P.C.M., Riley L.M., Spencer M., Cox M.J., Saunders J.R., McCarthy A.J., Alli son H.E. Multilocus characterization scheme for shiga toxin-encoding bacteriophages. Appl. Environ. Microbiol. 2007;73(24):8032–8040.
4. Golomidova A.K., Efimov A.D., Kulikov E.E., Kuz netsov A.S., Belalov I.Sh., Letarov A.V. O antigen restricts lysogenization of non-O157 Escherichia coli strains by Stx-con verting bacteriophage phi24B. Sci. Rep. 2021;11(1):3035.
5. Kuznetsov A.S., Moiseenko A.V., Kulikov E.E., Le tarov A.V. CryoEM investigation of three-dimentional struc ture of the Stx-converting bacteriophage ϕ24B. Microbiology. 2024;93(3):349-352.
6. Bubenchikov M., Zhang R., Moiseenko A., Kuz- netsov A., Letarov A., Sokolova O.S. Cryo-EM Reconstruc tion of tail and capsid of Stx bacteriophage Phi24B. Microsc. Microanal. 2024;30(Suppl. 1):ozae044.378.
7. Lyumkis D. Challenges and opportunities in cryo-EM single-particle analysis. J. Biol. Chem. 2019;294(13):5181–5197.
8. Ayala R., Moiseenko A.V., Chen T.H., Kulikov E.E., Golomidova A.K., Orekhov P.S., Street M.A., Sokolo va O.S., Letarov A.V., Wolf M. Nearly complete structure of bacteriophage DT57C reveals architecture of head-to-tail in terface and lateral tail fibers. Nat. Commun. 2023;14(1):8205.
9. Allison H.E., Sergeant M.J., James C.E., Saun ders J.R., Smith D.L., Sharp R.J., Marks T.S., McCarthy A.J. Immunity profiles of wild-type and recombinant shiga-like toxin-encoding bacteriophages and characterization of novel double lysogens. Infect. Immun. 2003;71(6):3409–3418.
10. Punjani A., Rubinstein J.L., Fleet D.J., Bruba- ker M.A. cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervi- sed cryo-EM structure determination. Nat. Methods. 2017;14(3):290–296.
11. Goetschius D.J., Lee H., Hafenstein S. CryoEM re construction approaches to resolve asymmetric features. Complementary Strategies to Understand Virus Structure and Function. Advances in Virus Research, vol. 105. Ed. F.A. Rey. Academic Press; 2019:73–91.
12. Abramson J., Adler J., Dunger J., et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with Al phaFold 3. Nature. 2024;630(8016):493–500.
Рецензия
Для цитирования:
Моисеенко А.А., Бубенчиков М.А., Чжан И., Кузнецов А.С., Летаров А.В., Соколова О.С. Реконструкция осевой фибриллы Stx-конвертирующего бактериофага phi24B с помощью криоэлектронной микроскопии. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2025;80(3):101–105. https://doi.org/10.55959/MSU0137-0952-16-80-3S-15
For citation:
Moiseenko A.V., Bubenchikov M.A., Zhang Y.Zh., Kuznetsov A.S., Letarov A.V., Sokolova O.S. Cryo-electron microscopy study of the axial fiber of the Stx-converting bacteriophage phi24B. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2025;80(3):101–105. (In Russ.) https://doi.org/10.55959/MSU0137-0952-16-80-3S-15
Просмотров:
1
Послать статью по эл. почте 