ЭВОЛЮЦИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ РЕГУЛЯЦИИ СИНТЕЗА ПРОЛИНА У ГАММА-ПРОТЕОБАКТЕРИЙ
Аннотация
Найден консервативный мотив перед генами proA и proB у многих у-протеобактерий, наиболее широко представленный у Pseudomonas, Marinobacter и Shewanella. Перед многими генами имеются пары сайтов кооперативного связывания белка обычно из 8 п.н. На основе разработанного алгоритма предположено, что соответствующим транскрипционным фактором является белок из семейства TetR, ортологичный белку NP_249058 из P. aeruginosa PAO1. Построено дерево видов, имеющих найденную нами регуляцию генов pro и три вложения в него: дерева самих генов pro, дерева доменов транскрипционных факторов и дерева сайтов связывания этих факторов. Выведен сценарий совместной эволюции взаимодействующих элементов: генов, белковых факторов регуляции и сайтов связывания.
Об авторах
К. В. Лопатовская
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Россия
Россия
мл. науч. сотр. Института проблем передачи информации имени А.А. Харкевича РАН. Тел. (485)699-83-54 (доб. 149)
К. Ю. Горбунов
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Россия
Россия
канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр. Института проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН. Тел. (485)699-83-54 (доб. 149)
Л. Ю. Русин
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Россия
Россия
канд. биол. наук, науч. сотр. Института проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН. Тел. (485)699-83-54 (доб. 149)
А. В. Селиверстов
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Россия
Россия
канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр. Института проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН. Тел. (485)699-83-54 (доб. 148)
В. А. Любецкий
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Россия
Россия
докт. физ.-мат. наук, зав. лабораторией Института проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН. Тел. (485)699-83-54 (доб.148)
Список литературы
1. Krishna R.V, Beilstein P., Leisinger T. Biosynthesis of proline in Pseudomonas aeruginosa. Partial purification and characterization of y-glutamyl kinase // Biochem. J. 1979. Vol. 181. P. 215—222.
2. Krishna R.V, Beilstein P., Leisinger T. Biosynthesis of proline in Pseudomonas aeruginosa. Properties of gamma-glutamyl phosphate reductase and 1-pyrroline-5-carboxylate reductase // Biochem. J. 1979. Vol. 181. P. 223—230.
3. Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Регуляция биосинтеза пролина у протеобактерий // Молекулярная био¬логия. 2007. Т. 41(3). С. 572—574.
4. Официальный сайт Proline (URL: http:// lab6.iitp.ru/ ru/proline/ 10.2.10).
5. Леонтьев Л.А, Любецкий В.А Алгоритм определения белка, согласованного с заданным филогенетическим профилем // Информационные процессы (www.jip.ru). 2006. Т. 6(1). С. 24—32.
6. Kisker C., Hinrichs W., Tovar K., Hillen W., Saen- ger W. The complex formed between Tet repressor and tetracycline-Mg2+ reveals mechanism of antibiotic resistance // J. of Mol. Biol. 1995. Vol. 247(2). P. 260—280.
7. Горбунов К.Ю., Любецкий В.А. Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов // Молекулярная биология. 2009. Т. 43(5). С. 946—958.
Для цитирования:
Лопатовская К.В., Горбунов К.Ю., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. ЭВОЛЮЦИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ РЕГУЛЯЦИИ СИНТЕЗА ПРОЛИНА У ГАММА-ПРОТЕОБАКТЕРИЙ. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):92-94.
For citation:
Lopatovskaya K.V., Gorbunov K.Y., Rusin L.Y., Seliverstov A.V., Lyubetsky V.A. THE EVOLUTION OF PROLINE SYNTHESIS TRANSCRIPTIONAL REGULATION IN GAMMA PROTEOBACTERIA. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):92-94. (In Russ.)
Просмотров: 53
Послать статью по эл. почте 