ЭВОЛЮЦИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ РЕГУЛЯЦИИ СИНТЕЗА ПРОЛИНА У ГАММА-ПРОТЕОБАКТЕРИЙ

Найден консервативный мотив перед генами proA и proB у многих у-протеобактерий, наиболее широко представленный у Pseudomonas, Marinobacter и Shewanella. Перед многими генами имеются пары сайтов кооперативного связывания белка обычно из 8 п.н. На осно­ве разработанного алгоритма предположено, что соответствующим транскрипционным фак­тором является белок из семейства TetR, ортологичный белку NP_249058 из P. aeruginosa PAO1. Построено дерево видов, имеющих найденную нами регуляцию генов pro и три вло­жения в него: дерева самих генов pro, дерева доменов транскрипционных факторов и дере­ва сайтов связывания этих факторов. Выведен сценарий совместной эволюции взаимодейст­вующих элементов: генов, белковых факторов регуляции и сайтов связывания.

1. Krishna R.V, Beilstein P., Leisinger T. Biosynthesis of proline in Pseudomonas aeruginosa. Partial purification and characterization of y-glutamyl kinase // Biochem. J. 1979. Vol. 181. P. 215—222.

2. Krishna R.V, Beilstein P., Leisinger T. Biosynthesis of proline in Pseudomonas aeruginosa. Properties of gamma-glutamyl phosphate reductase and 1-pyrroline-5-carboxylate reductase // Biochem. J. 1979. Vol. 181. P. 223—230.

3. Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Регуляция биосинтеза пролина у протеобактерий // Молекулярная био¬логия. 2007. Т. 41(3). С. 572—574.

4. Официальный сайт Proline (URL: http:// lab6.iitp.ru/ ru/proline/ 10.2.10).

5. Леонтьев Л.А, Любецкий В.А Алгоритм определения белка, согласованного с заданным филогенетическим профилем // Информационные процессы (www.jip.ru). 2006. Т. 6(1). С. 24—32.

6. Kisker C., Hinrichs W., Tovar K., Hillen W., Saen- ger W. The complex formed between Tet repressor and tetracycline-Mg2+ reveals mechanism of antibiotic resistance // J. of Mol. Biol. 1995. Vol. 247(2). P. 260—280.

7. Горбунов К.Ю., Любецкий В.А. Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов // Молекулярная биология. 2009. Т. 43(5). С. 946—958.