THE EVOLUTION OF PROLINE SYNTHESIS TRANSCRIPTIONAL REGULATION IN GAMMA PROTEOBACTERIA
https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-92-94
Abstract
We report a conserved motif upstream genes proA and proB widely represented among y-pro- teobacteria, particularly in the genera Pseudomonas, Marinobacter and Shewanella. The conserved protein-DNA binding sites are 8 bp-long. Some genes have a duplet of sites for cooperative factor binding. The phylogenetic profiles of binding sites and all protein factors were compared. We identify a tetR family protein, an ortholog of the NP_249058 protein from P. aeruginosa PAO1, as a transcription factor. Our algorithm was applied to construct the tree of species with predicted regulation of the pro genes. The phylogeny of pro genes, transcription factors phylogeny and their binding sites phylogeny were mapped onto the tree of species with our algorithm. The obtained scenario displays important HGT and the related events.
About the Authors
K. V. Lopatovskaya
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Russian Federation
Russian Federation
K. Yu. Gorbunov
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Russian Federation
Russian Federation
L. Yu. Rusin
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Russian Federation
Russian Federation
A. V. Seliverstov
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Russian Federation
Russian Federation
V. A. Lyubetsky
Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Krishna R.V, Beilstein P., Leisinger T. Biosynthesis of proline in Pseudomonas aeruginosa. Partial purification and characterization of y-glutamyl kinase // Biochem. J. 1979. Vol. 181. P. 215—222.
2. Krishna R.V, Beilstein P., Leisinger T. Biosynthesis of proline in Pseudomonas aeruginosa. Properties of gamma-glutamyl phosphate reductase and 1-pyrroline-5-carboxylate reductase // Biochem. J. 1979. Vol. 181. P. 223—230.
3. Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Регуляция биосинтеза пролина у протеобактерий // Молекулярная био¬логия. 2007. Т. 41(3). С. 572—574.
4. Официальный сайт Proline (URL: http:// lab6.iitp.ru/ ru/proline/ 10.2.10).
5. Леонтьев Л.А, Любецкий В.А Алгоритм определения белка, согласованного с заданным филогенетическим профилем // Информационные процессы (www.jip.ru). 2006. Т. 6(1). С. 24—32.
6. Kisker C., Hinrichs W., Tovar K., Hillen W., Saen- ger W. The complex formed between Tet repressor and tetracycline-Mg2+ reveals mechanism of antibiotic resistance // J. of Mol. Biol. 1995. Vol. 247(2). P. 260—280.
7. Горбунов К.Ю., Любецкий В.А. Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов // Молекулярная биология. 2009. Т. 43(5). С. 946—958.
Review
For citations:
Lopatovskaya K.V., Gorbunov K.Yu., Rusin L.Yu., Seliverstov A.V., Lyubetsky V.A. THE EVOLUTION OF PROLINE SYNTHESIS TRANSCRIPTIONAL REGULATION IN GAMMA PROTEOBACTERIA. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):92-94. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2010-4-92-94
Views:
424
Email this article 