ОЦЕНКА ЭВОЛЮЦИОННОЙ СТАБИЛЬНОСТИ ВИРУСА ГРИППА ТИПА А. ПРЕДСКАЗАНИЕ ВАРИАБЕЛЬНЫХ УЧАСТКОВ В ДОМЕННОЙ СТРУКТУРЕ БЕЛКА М1
Аннотация
Вирус гриппа является серьезным патогеном человека, который регулярно вызывает эпидемии, а также пандемии с высоким уровнем смертности. Созданы программы для проведения статистического анализа замен нуклеотидов в кодирующих областях генов, которые были апробированы на большой выборке штаммов вируса гриппа типа А. Внутренние белки вириона оказались эволюционно стабильными, тогда как поверхностные антигены, а также неструктурный белок NS1 — высоковариабельными. Анализ выборки последовательностей матриксного белка М1 показал, что N-домен является крайне консервативным, а М- и С-домены — более изменчивыми. Предсказание внутренней неупорядоченности в пространственной структуре белка М1 по алгоритму DISOPRED выявило высокую структурную пластичность в С-домене.
Об авторах
M. A. Кузнецова
факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ
Россия
Россия
студентка факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. +7-965-254-59-25
Ю. А. Пеков
факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ;
Россия
Россия
студент факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Тел. +7-916-641-73-60
А. Л. Ксенофонтов
НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ
Россия
Россия
канд. хим. наук, ст. науч. сотр. НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ. Тел. 939-54-08
Л. В. Кордюкова
НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ
Россия
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского МГУ. Тел. 939-54-08
В. Л. Друца
НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ
Россия
Россия
канд. хим. наук, вед. науч. сотр. НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ. Тел. 939-34-56
Список литературы
1. Influenza Virus Database (URL: http://www.ncbi.nlm. nih.gov/genomes/FLU/Database/select.cgi 03.04.2010).
2. The DISOPRED2 Prediction of Protein Disorder Server (URL: http://bioinf4.cs.ucl.ac.uk:3000/disopred/04.03.2010)
3. Ward J.J., Sodhi J.S., McGuffin L.J., Buxton B.F., Jones D.T. Prediction and functional analysis of native disorder in proteins from the three kingdoms of life // J. Molec. Biol. 2004. Vol. 337. P. 635—645.
4. Obenauer J.C. et al. Large-scale sequence analysis of avian influenza isolates // Science. 2006. Vol. 311. P. 1576—1580.
5. Sha B, Luo M. Structure of a bifunctional membrane- RNA binding protein, influenza virus matrix protein M1 // Nature Struct. Biol. 1997. Vol. 4. P. 239—244.
Рецензия
Для цитирования:
Кузнецова M.A., Пеков Ю.А., Ксенофонтов А.Л., Кордюкова Л.В., Друца В.Л. ОЦЕНКА ЭВОЛЮЦИОННОЙ СТАБИЛЬНОСТИ ВИРУСА ГРИППА ТИПА А. ПРЕДСКАЗАНИЕ ВАРИАБЕЛЬНЫХ УЧАСТКОВ В ДОМЕННОЙ СТРУКТУРЕ БЕЛКА М1. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2010;(4):104-107.
For citation:
Kuznetsova M.A., Pekov U.A., Ksenofontov A.L., Kordyukova L.V., Drutsa V.L. ESTIMATION OF EVOLUTIONAL STABILITY OF INFLUENZA A VIRUS. PREDICTION OF VARIABLE REGIONS IN DOMAIN STRUCTURE OF M1 PROTEIN. Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2010;(4):104-107. (In Russ.)
Просмотров:
214
Послать статью по эл. почте 