Preview

Вестник Московского университета. Серия 16. Биология

Расширенный поиск

СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНОМА И ТРАНСКРИПТОМА МИНИАТЮРНОГО ПЕРЕПОНЧАТОКРЫЛОГО MEGAPHRAGMA AMALPHITANUM (HYMENOPTERA: TRICHOGRAMMATIDAE)

Полный текст:

Аннотация

Миниатюризация организмов — одно из наиболее интересных эволюционных явлений. Это весьма распространенный процесс, широко представленный у многоклеточных организмов: беспозвоночных (немертины, круглые черви, брахиоподы, моллюски, паукообразные и насекомые) и позвоночных (рыбы, амфибии, птицы и даже млекопитающие). Миниатюризация приводит к значительному сокращению размеров организма и упрощению ряда систем и органов без потери жизнеспособности. Как правило, эта комплексная эволюционная модификация связана с занятием особой экологической ниши, свободной от конкурентов. В ходе этого процесса не только изменяется общий размер организма, но и уменьшаются размеры клеток, составляющих его, а также меняется структура генома и отдельных генов. Паразитический наездник Megaphragma amalphitanum (Hymenoptera: Trichogrammatidae) считается одним из мельчайших насекомых, описанных к настоящему времени, и потому представляет значительный интерес в качестве объекта для изучения генетических аспектов уменьшения размеров организмов в процессе эволюции. Секвенирование полного генома M. amalphitanum и его последующая аннотация, а также сборка транскриптома позволяют понять, насколько меняется генетический материал таких организмов при миниатюризации по сравнению с другими (более крупными) представителями отряда Hymenoptera. Предварительный анализ показал, что размер генома M. amalphitanum составляет 346 миллионов пар оснований, а размер транскриптома — 27,5 миллионов пар оснований.

Об авторах

Е. Б. Прохорчук
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Институт биоинженерии, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук
Россия

докт. биол. наук, проф. кафедры биотехнологии биологического факультета, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12;

заведующий лабораторией, 119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2



А. В. Недолужко
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Россия

канд. биол. наук, начальник лаборатории,

123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1



Ф. С. Шарко
Институт биоинженерии, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук
Россия

аспирант, мл. науч. сотр.,

119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2



С. В. Цыганкова
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Россия

канд. биол. наук, ст. науч. сотр.,

123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1



Е. С. Булыгина
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Россия

канд. биол. наук, вед. науч. сотр.,

123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1



С. М. Расторгуев
Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Россия

канд. биол. наук, ст. науч. сотр.,

123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1



А. С. Соколов
Институт биоинженерии, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук
Россия

мл. науч. сотр.,

119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2



А. М. Мазур
Институт биоинженерии, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук
Россия

канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр.,

119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2



А. А. Полилов
Кафедра энтомологии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Россия

докт. биол. наук, зав. кафедрой биологического факультета,

119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12



К. Г. Скрябин
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт биоинженерии, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук
Россия

докт. биол. наук, проф., академик РАН, заведующий кафедрой биотехнологии биологического факультета МГУ, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12;

123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1;

научный руководитель ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН, 119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2



Список литературы

1. Grebennikov V.V., Beutel R.G. Morphology of the minute larva of Ptinella tenella, with special reference to effects of miniaturisation and the systematic position of Ptiliidae (Coleoptera: Staphylinoidea) // Arthropod Struct. Dev. 2002. Vol. 31. N 2. P. 157–172.

2. Polilov A.A. The smallest insects evolve anucleate neurons // Arthropod Struct. Dev. 2012. Vol. 41. N 1 P. 29–34.

3. Polilov A.A. Consequences of miniaturization in insect morphology // Moscow Univ. Biol. Sci. Bull. 2015. Vol. 70. N 3. P. 37–43.

4. Gregory T.R., Hebert P.D., Kolasa J. Evolutionary implications of the relationship between genome size and body size in flatworms and copepods // Heredity (Edinb). 2000. Vol. 84. Pt. 2. P. 201–208.

5. Liu S., Hui T.H., Tan S.L., Hong Y. Chromosome evolution and genome miniaturization in minifish // PLoS One. 2012. Vol. 7. N 5. e37305.

6. Harris R.A., Tardif S.D., Vinar T., Wildman D.E., Rutherford J.N., Rogers J., Worley K.C., Aagaard K.M. Evolutionary genetics and implications of small size and twinning in callitrichine primates // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2014. Vol. 111. N 4. P. 1467–1472.

7. Nedoluzhko A.V., Sharko F.S., Boulygina E.S., Tsygankova S.V., Sokolov A.S., Mazur A.M., Polilov A.A., Prokhortchouk E.B., Skryabin K.G. Mitochondrial genome of Megaphragma amalphitanum (Hymenoptera: Trichogrammatidae) // Mitochondrial DNA Part A. 2016.Vol. 27. N 6. P. 4526–4527.

8. Zhang J., Kobert K., Flouri T., Stamatakis A. PEAR: a fast and accurate Illumina Paired-End reAd mergeR // Bioinformatics. 2014. Vol. 30. N 5. P. 614–620.

9. Luo R., Liu B., Xie Y., et al. SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler // Gigascience. 2012. Vol. 1. N 1. P. 18.

10. Haas B.J., Papanicolaou A., Yassour M., et al. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis // Nat. Protoc. 2013. Vol. 8. N 8. P. 1494–1512.

11. Stanke M., Steinkamp R., Waack S., Morgenstern B. AUGUSTUS: a web server for gene finding in eukaryotes // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32 (Web Server issue). W309–W312.

12. Tsutsui N.D., Suarez A.V., Spagna J.C., Johnston J.S. The evolution of genome size in ants // BMC Evol. Biol. 2008. Vol. 8 : 64.


Для цитирования:


Прохорчук Е.Б., Недолужко А.В., Шарко Ф.С., Цыганкова С.В., Булыгина Е.С., Расторгуев С.М., Соколов А.С., Мазур А.М., Полилов А.А., Скрябин К.Г. СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНОМА И ТРАНСКРИПТОМА МИНИАТЮРНОГО ПЕРЕПОНЧАТОКРЫЛОГО MEGAPHRAGMA AMALPHITANUM (HYMENOPTERA: TRICHOGRAMMATIDAE). Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2017;72(1):35-38.

For citation:


Prokhortchouk E.B., Nedoluzhko A.V., Sharko F.S., Tsygankova S.V., Boulygina E.S., Rastorguev S.M., Sokolov A.S., Mazur A.M., Polilov A.A., Skryabin K.G. THE GENOME SEQUENCING AND TRANSCRIPTOMIC ASSEMBLY OF THE PARASITOID WASP MEGAPHRAGMA AMALPHITANUM (HYMENOPTERA: TRICHOGRAMMATIDAE). Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2017;72(1):35-38. (In Russ.)

Просмотров: 79


ISSN 0137-0952 (Print)