СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНОМА И ТРАНСКРИПТОМА МИНИАТЮРНОГО ПЕРЕПОНЧАТОКРЫЛОГО MEGAPHRAGMA AMALPHITANUM (HYMENOPTERA: TRICHOGRAMMATIDAE)
Аннотация
Ключевые слова
Об авторах
Е. Б. ПрохорчукРоссия
докт. биол. наук, проф. кафедры биотехнологии биологического факультета, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12;
заведующий лабораторией, 119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2
А. В. Недолужко
Россия
канд. биол. наук, начальник лаборатории,
123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1
Ф. С. Шарко
Россия
аспирант, мл. науч. сотр.,
119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2
С. В. Цыганкова
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр.,
123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1
Е. С. Булыгина
Россия
канд. биол. наук, вед. науч. сотр.,
123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1
С. М. Расторгуев
Россия
канд. биол. наук, ст. науч. сотр.,
123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1
А. С. Соколов
Россия
мл. науч. сотр.,
119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2
А. М. Мазур
Россия
канд. физ.-мат. наук, ст. науч. сотр.,
119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2
А. А. Полилов
Россия
докт. биол. наук, зав. кафедрой биологического факультета,
119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
К. Г. Скрябин
Россия
докт. биол. наук, проф., академик РАН, заведующий кафедрой биотехнологии биологического факультета МГУ, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12;
123182, г. Москва, пл. Академика Курчатова, д. 1;
научный руководитель ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН, 119071, г. Москва, Ленинский пр-т, д. 33, корп. 2
Список литературы
1. Grebennikov V.V., Beutel R.G. Morphology of the minute larva of Ptinella tenella, with special reference to effects of miniaturisation and the systematic position of Ptiliidae (Coleoptera: Staphylinoidea) // Arthropod Struct. Dev. 2002. Vol. 31. N 2. P. 157–172.
2. Polilov A.A. The smallest insects evolve anucleate neurons // Arthropod Struct. Dev. 2012. Vol. 41. N 1 P. 29–34.
3. Polilov A.A. Consequences of miniaturization in insect morphology // Moscow Univ. Biol. Sci. Bull. 2015. Vol. 70. N 3. P. 37–43.
4. Gregory T.R., Hebert P.D., Kolasa J. Evolutionary implications of the relationship between genome size and body size in flatworms and copepods // Heredity (Edinb). 2000. Vol. 84. Pt. 2. P. 201–208.
5. Liu S., Hui T.H., Tan S.L., Hong Y. Chromosome evolution and genome miniaturization in minifish // PLoS One. 2012. Vol. 7. N 5. e37305.
6. Harris R.A., Tardif S.D., Vinar T., Wildman D.E., Rutherford J.N., Rogers J., Worley K.C., Aagaard K.M. Evolutionary genetics and implications of small size and twinning in callitrichine primates // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2014. Vol. 111. N 4. P. 1467–1472.
7. Nedoluzhko A.V., Sharko F.S., Boulygina E.S., Tsygankova S.V., Sokolov A.S., Mazur A.M., Polilov A.A., Prokhortchouk E.B., Skryabin K.G. Mitochondrial genome of Megaphragma amalphitanum (Hymenoptera: Trichogrammatidae) // Mitochondrial DNA Part A. 2016.Vol. 27. N 6. P. 4526–4527.
8. Zhang J., Kobert K., Flouri T., Stamatakis A. PEAR: a fast and accurate Illumina Paired-End reAd mergeR // Bioinformatics. 2014. Vol. 30. N 5. P. 614–620.
9. Luo R., Liu B., Xie Y., et al. SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler // Gigascience. 2012. Vol. 1. N 1. P. 18.
10. Haas B.J., Papanicolaou A., Yassour M., et al. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis // Nat. Protoc. 2013. Vol. 8. N 8. P. 1494–1512.
11. Stanke M., Steinkamp R., Waack S., Morgenstern B. AUGUSTUS: a web server for gene finding in eukaryotes // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32 (Web Server issue). W309–W312.
12. Tsutsui N.D., Suarez A.V., Spagna J.C., Johnston J.S. The evolution of genome size in ants // BMC Evol. Biol. 2008. Vol. 8 : 64.
Рецензия
Для цитирования:
Прохорчук Е.Б., Недолужко А.В., Шарко Ф.С., Цыганкова С.В., Булыгина Е.С., Расторгуев С.М., Соколов А.С., Мазур А.М., Полилов А.А., Скрябин К.Г. СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНОМА И ТРАНСКРИПТОМА МИНИАТЮРНОГО ПЕРЕПОНЧАТОКРЫЛОГО MEGAPHRAGMA AMALPHITANUM (HYMENOPTERA: TRICHOGRAMMATIDAE). Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2017;72(1):35-38.
For citation:
Prokhortchouk E.B., Nedoluzhko A.V., Sharko F.S., Tsygankova S.V., Boulygina E.S., Rastorguev S.M., Sokolov A.S., Mazur A.M., Polilov A.A., Skryabin K.G. THE GENOME SEQUENCING AND TRANSCRIPTOMIC ASSEMBLY OF THE PARASITOID WASP MEGAPHRAGMA AMALPHITANUM (HYMENOPTERA: TRICHOGRAMMATIDAE). Vestnik Moskovskogo universiteta. Seriya 16. Biologiya. 2017;72(1):35-38. (In Russ.)